Поиск каких-то распространенных белков в UniProt.
База данных поиска – UniProt. В начале поиска круг белков, которые потенциально могут оказаться в геноме Amoeboaphelidium protococcarum, ограничили принадлежностью таксону Aphelida. Однако нашлось только 2 находки из Trembl, принадлежщие Amoeboaphelidium protococcarum. Поэтому следующий поиск проводился по родственным кладам из Fungi, так выше вероятность найти аннотированные последовательности белков. Далее круг сужался путем добавлению фильтра на имя белка. И после этого выбирались интересующие белки для дальнейшего выравнивания. Все белки принадлежат Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c). Итого:
Запрос UniProt: taxonomy:fungi name:"dna polymerase" 1) DNA polymerase alpha catalytic subunit A. Скачивание ana-liva@kodomo:~/term3/block2/pr9$ seqret sw:DPOA_YEAST dpoly_alpha1.fasta Команда выравнивания tblastn -query dpoly_alpha1.fasta -db X5.fasta -out dpoly_alpha1.out Результат выравнивания dpoly_alpha1.out Выравнивание показало, что в скэффолдах 423 и 424 наверняка есть ген субъединицы ДНК-полимеразы α. Выравнивания охватывают большую часть запроса и имеют самые низкие значения E-value. 2) DNA primase large subunit. Скачивание ana-liva@kodomo:~/term3/block2/pr9$ seqret sw:PRI2_YEAST dprimase.fasta Команда выравнивания tblastn -query dprimase.fasta -db X5.fasta -out dprimase.out Результат выравнивания dprimase.out В тех же скэффолдах найдены участки, похожие на ген субъединицы ДНК праймазы. Вывод сделан на основании низкого E-value и длины выравнивания. Запрос UniProt: taxonomy:fungi name:atp synthase 3) ATP synthase subunit beta, mitochondrial Скачивание ana-liva@kodomo:~/term3/block2/pr9$ seqret sw:ATPB_YEAST ATPsin.fasta Команда выравнивания tblastn -query ATPsin.fasta -db X5.fasta -out ATPsin.out Результат выравнивания ATPsin.out В геноме точно содержится последовательность, кодирующая одну из субъединиц АТФ-синтазы. Скэффолды 423, 431, 325, 1050, 1051, 955, 30 имеют частичное покрытие запроса, однако соответсвуют они друг другу почти полностью.