Описание сборки генома синего кита

Латинское название – Balaenoptera musculus

Синий кит – морское млекопитающее из отряда Китопарнокопытные и инфраотряда Китообразные. Синие киты считаются самыми крупными животными на Земле. Обитают во всех океанах, т.е. являются космополитами, но синие киты обитают стадами, которые обычно приурочены к определенным водам. Наиболее часто эти киты встречаются в высоких широтах южного и северного полушария, откуда они могут мигрировать к экватору, а также в водах Индийского океана, там миграции китов не происходит. В этой связи выделяют несколько подвидов синиего кита: B. musculus musculus (северный, он же типовой), B. musculus intermedia (южный), B. musculus brevicauda (карликовый в Индийском океане и южной части Тихого), B. musculus indica (в северной части Индийского океана). Раньше синие киты ценились в китобойном промысле за счет своих размеров. Их численность в период массовой охоты резко упала, сейчас виду присвоен статус вымирающего. Оценка численности китов лишь примерная, потому как популяции вида плохо изучены.

• Число сборок: 2
• Название сборки: mBalMus1.pri.v3
• RefSeq AC: GCF_009873245.2
• Уровень сборки: Chromosome
• Общая длина последовательности: 2,374,868,943 bp
• Число скэффолдов: 106
• Скэффолд N50: 110,314,666
• Скэффолд L50: 9
• Число контигов: 973
• Контиг N50: 6,315,640
• Контиг L50: 103
• Публикации в PubMed нет
• Контиг

Последовательность CDS прокариотического вируса

Текст запроса: (("Podoviridae"[Organism]) AND 00000040000[SLEN] : 00000050000[SLEN]) AND (complete[All Fields] AND genome[All Fields]) .

Количество находок в GenBank – 1072, в RefSeq – 343.

Далее будет приведен один из геномных вирусов:

• AC: OK319016
• Организм: Brevundimonas phage AA. TaxID: 2880937
• Геном представлен линейной двойной ДНК (https://doi.org/10.1016/j.resmic.2005.07.005)
• Хозяин: Brevundimonas sp. Brv2
• Участки генома с кодирующей последовательностью

Файл с кодирующими участками был получен при помощи функции "send to" и выбранным параметром "Coding Sequences".

Описание ключей для таблицы локальных особенностей (feature keys)

• misc_binding

Указывает какой участок ДНК и с чем ковалентно/нековалентно/еще как-либо связан

 NZ_FFRW02000010

misc_binding    6021..6238
                     /bound_moiety="tRNA"
          

• centromere

Характеризует участок ДНК, за которые удерживаются хроматиды и где образуются кинетохоры

 NC_001148.4

centromere      555957..556073
          /note="CEN16; Chromosome XVI centromere"
          /db_xref="SGD:S000006477"
centromere      555957..555966
          /note="CEN16_CDEI of CEN16"
centromere      555967..556048
          /note="CEN16_CDEII of CEN16"
centromere      556049..556073
          /note="CEN16_CDEIII of CEN16"
          

• exon

Участок генома, котоый кодирует часть сплайсированной мРНК, тРНК и рРНК. Содержит в составе 5'UTR, все CDS и 3 'UTR.

NC_058137.1

exon            310..1053
          /gene="LOC100192685"
          /gene_synonym="GRMZM2G093186; umc2503"
          /inference="alignment:Splign:2.1.0"
        

• oriT

Участок, где запускается процесс конъюгации ДНК (применяется для бактерий и плазмидных векторов)

MN626472.1

          oriT            5282..5527
        

• variation

Ключ указывает, что в данном участке у родственного штамма имеется устойчивая мутация (полиморфизмы, в том числе длин рестрикционных фрагментов), а у записанной последовательности этой мутации нет.

CP001787.1

variation       248175
          /locus_tag="Metvu_0255"
          /note="SNP"
          /replace="g"