Перестановки g-блоков
В геномах обнаружена перестановка блока g5x4387. Плюс ко всему при перестановке один из g-блоков инверсировался. В данном блоке имеется ген, представленный во всех геномах и кодирующий транскрипционный фактор семейства LuxR.
Входной файл: genome_nostoc. Минимальной долей консервативных позиций в S-блоках был выбран порог 0,821.
Файл с протоколом можно скачать по ссылке.
Стабильное ядро состоит из 4571 S-блоков. Размер нуклеотидного ядра (процент нуклеотидов в ядре от общего числа) 36.4%. Процент консервативных колонок 15.44%. Ссылка на файл с информацией. Невысокое количество консервативных позиций объясняется большими размерами геномов бактерий Nostoc и значительными видовыми отличиями.
Поиск блоков с делециями проводился в файле
Вид |
Имя блока |
Длина делеции |
Имена генов |
N.commune |
h4x1386 |
1386 |
HUN01_18850, COO91_03248, Npun_F1455 |
N.edaphicum |
h4x3302 |
3302 |
NIES4070_51540, COO91_02785, Npun_F5843 |
N.flagelliforme |
h4x1456 |
1456 |
IES4070_20730, HUN01_33285, Npun_F0773+ |
N.punctiforme |
h4x2450 |
2450 |
NIES4070_07570, HUN01_0999, COO91_01801 |
N.sphaeroides |
h4x3163 |
3163 |
NIES4070_04010, HUN01_11970, COO91_00675, Npun_R5873 |
В геномах обнаружена перестановка блока g5x4387. Плюс ко всему при перестановке один из g-блоков инверсировался. В данном блоке имеется ген, представленный во всех геномах и кодирующий транскрипционный фактор семейства LuxR.