Комплексы ДНК-белок

Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Два стебля, T- и антикодоновый, найденные при помощи find_pair длинее на 1 пару нуклеотидов, чем реальные.

Алгоритм Зукера позволил предсказать все стебли, однако акцепторный стебель длинее на 1 паруа T-стебель короче на 1.

С помощью einverted при понижении минимального score была предсказана только акцеторная петля.

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

ДНК-белковые контакты были рассмотрены на примере комплекса 1HW2. Сценарий был написан для PyMol, просмотр структуры и выделений атомов был реализован через сцены. Скрипт можно скачать по ссылке.

Ожидаемо, в области большой бороздки наблюдается больше взаимодействий, чем в малой за счет размера участков. Наибольшее количество взаимодействий приходится на остатки дизоксирибозы, они находятся снаружи относительно азотистых оснований, поэтому белок впервую очередь взаимодействует именно с остатками сахара.

При помощи программы nucplot была получена наглядная схема взаимодействий, которую можно просмотреть ниже.

Среди взаимодействующих аминокислот наибольшее число связей с ДНК, точнее с фосфатной группой, имеет аргинин в 49 позиции цепи белка B (Arg49(B)). Наиболее важным для рапознавания ДНК можно назвать His65, взаимодействующий с аденином и остатком дезоксирибозы, связь с азотистым основанием обуславливает специфичность взаимодействия белка с ДНК. Также немалую роль в связывании играют аминокислоты, которые контактируют с фосфатными группами, которых множество в ДНК.