Поиск в THE HUMAN PROTEIN ATLAS

Для работы сайт требует ввод миимального количества данных: только ID белка. В практикуме рассматривался белок 6-фосфофрукто-2-киназа/фруктозо-2,6-бифосфотаза 3. Также возможен поиск белков по полям записей с использованием логических операций. Результат выдачи:

Страница выдачи представляет собой обобщение всех имеющихся данных о найденном белке: его функции, локализация, патологии и т. д. Более подробную информацию можно получить в соответствующих разделах. Выбранный белок участвует в метоболизме фруктозы и кажется непримечательным. Изучение его записи на сайте, возможно, убедит в обратном.

Локализация в организме

Исходя из картинки, данный белок встречается почти во всех органах (за исключением глаз, там обнаружена только мРНК). Это вполне ожидаемо, так как белок задействован в базовом, характерном для всех живых клеток человека метаболическом пути. Однако видно, что экспрессия РНК фермента не одинакова, в мышечной и жировой тканях она самая высокая (также см. рис. ниже), при этом высокий уровень РНК может не приводить к высокому уровню экспресии белка.

Локализация в клетке

Судя по данным белок в масштабах клетки локализуется только в ядерной цитоплазме, что странно... Иные сведетельства локализации фермента можно найти на сайте UniProt, фермент также есть в цитозоле.

Иммунитет

Уровень экспрессии почти не имеет предсказательной силы развития рака. Для иммунных клеток было показано, что экспрессия фермента повышена в нейтрофилах. Ген входит в кластер, связанный с воспалительным ответом.

Итого, THPA удобный интсрумент для ознакомления со всемивозможными аспектами конкретного белка. Предоставляемый материал обширен и визуально приятно представлен. По записям я выяснила некоторые неочевидные особенности фермента 6-фосфофрукто-2-киназы/фруктозо-2,6-бифосфотазы 3. Однако в записях нашлась неточность, хотя малозначительная. Возможно, такие неточности встречаются во многих полях записей белков. Поэтому в случае, если качество информации критично значимо, то стоит обращаться к первоисточникам или к альтернативным базам данных.