На данном дереве удалось выделить две ортологические группы, которые соответсвенно покрашены зеленым и голубым.
В первой ортологической группе представлены гомологичные АТФ-связывающие субъединицы протеазы Clp всех рассматриваемых бактерий. Образуемое поддерево напоминает эталонное дерево, число общих
нетривиальных ветвей равно 4 из 5. Вторая ортологическая группа объединяет ортологов циноковой металлопротеазы FtsH и в ней есть белки всех бактерии, кроме Arthrobacter sp.(ARTS2). Поддерево металлопротеазы почти
повторяет эталлоное дерево выбранных бактерии, за исключением отсутствия последовательности ARTS2.
Данное дерево повторяет предыдущее, однако ортологические поддеревья были заменены одной ветвью, ведущей к названию белков-ортологов.