Задание 4

Составление списка гомологичных белков, включающих паралоги

Список находок для запроса последовательности CLPX_ECOLI:

Оригинальный файл выдачи можно скачать по ссылке

.

Изображение дерева

tree
Дерево построенно программой MEGA с помощью метода Neighbor joining

Newick формула

Пары ортологов:

Пары паралогов:

Вариации дерева

tree
На данном дереве удалось выделить две ортологические группы, которые соответсвенно покрашены зеленым и голубым. В первой ортологической группе представлены гомологичные АТФ-связывающие субъединицы протеазы Clp всех рассматриваемых бактерий. Образуемое поддерево напоминает эталонное дерево, число общих нетривиальных ветвей равно 4 из 5. Вторая ортологическая группа объединяет ортологов циноковой металлопротеазы FtsH и в ней есть белки всех бактерии, кроме Arthrobacter sp.(ARTS2). Поддерево металлопротеазы почти повторяет эталлоное дерево выбранных бактерии, за исключением отсутствия последовательности ARTS2.
tree
Данное дерево повторяет предыдущее, однако ортологические поддеревья были заменены одной ветвью, ведущей к названию белков-ортологов.