Филогенетические деревья
Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп - анализа
С помощью программы fseqboot было создано 100 бутстреп - реплик выравнивания:
fseqboot listya.fasta -auto
выходной файл: lysta.fseqboot
Далее полученный файл подали на вход программы fdnaml
выходной файл: lysta.treefile
Результаты бутсреп - анализа получили с помощью программы fconsense
выходной файл: listya.txt
Полученное консенсусное дерево:
CONSENSUS TREE:
the numbers on the branches indicate the number
of times the partition of the species into the two sets
which are separated by that branch occurred
among the trees, out of 100.00 trees
+------d
+-60.0-|
+-97.0-| +------e
| |
+-52.0-| +-------------f
| |
+------| +--------------------b
| |
| +---------------------------a
|
+----------------------------------c
remember: this is an unrooted tree!
Как мы видим, только для одной из выбранных ветвей количество деревьев,
в которых ветвь присутствовала, близко к 100 (97), остальные ветви имеют
значения менее 70 (52, 60), что говорит об их неправдоподобности.
Ветви, не вошедшие в состав консенсусного дерева, были выявлены в большом
диапозоне значений количества деревьев (от 1 до 47):
cefdba
....** 47.00
.**... 36.00
..**.. 2.00
..*..* 1.00
...*** 1.00
.***.* 1.00
...**. 1.00
.**..* 1.00
.*.**. 1.00
Таким образом мы не можем
говорить о достаточной надежности топологии реконструкции дерева. Тем более, что
реконструированное дерево не совпадает топологически с исходным.
консенсусное реальное
C E F D B A C E F D B A
. * * * . . . * * * . .
. * . * . . . * . * . .
. * * * * . * * * * . .
Также следует отметить следующие наблюдения:
консенсусное дерево отличается от реального тем, что вместо ветви АВ в нем
присутствует вевть АС. При этом бутстреп-значения ветвей АВ и АС, полученные
с помощью бутстреп-анализа, очень близки (47 и 52 соответственно). Это можно
объяснить тем, что расстояние между лиcтьями А и В и листьями А и С в реальном
дереве не так велико (160 и 175 соответственно). Для листьев D, E и F данные значения,
напротив, имеют большую разницу, поэтому данная часть консенсусного дерева совпала с реальным
(расстояние между D и E равно 100, а между D(E) и F 123).
Визуализация деревьев с помощью программы fdrawtree
Исходное дерево было визуализировано с помощью программы fdrawtree.
Данная программа визуализирует все деревья как неукорененные
(в отличие от fdrawgram, которая визуализирует все деревья как укорененные).
С параметрами, заданными по умолчанию, программа выдает графический файл в
формате postscript (в процессе выполения формат был изменен на ps).
Визуализация исходного дерева с помощью fdrawtree, запущена командой:
fdrawtree derevo.txt tree.ps -auto
На выходе получается неукорененное дерево, у которого длины ветвей пропорциональны
эволюционным расстояниям
на страницу IV семестра
на главную