После того, как структура загрузится, надо нажать две кнопки:

1. Запустить скрипт:

2. Продолжить исполнение скрипта:

Text of the script for 1st task
Text of the script for 2nd task
Text of the script for 3rd task
Text of the script for 3rd task
Jmol output:

Гидрофобные ядра.

Данный белок состоит только из одной цепи. Согласно срипту, выполненному программой CluD, в моем белке 1 гидрофобное ядро (core2, 119 атомов, что составляет 11,9% от всех атомов в цепи). Это следует из соотношения количества атомов в разных гидрофобных кластерах (всего 13). В остальных число атомов не превосходит 20.

Плотность упаковки атомов в гидрофобном ядре

В ходе выполнения скрипта выяснилось, что:

1.Находясь на расстоянии 6 А, атомы полностью покрывают поверхность лейцина.

2.Характерное расстояние между соседними атомами в белке 6-7 ангстрем. (На этом расстоянии появляется большинство атомов, почти полностью закрывающих выбранный остаток)

3.Ван-дер-ваальсов радиус молекулы воды равен 1,4 А. Значит, диаметр 2.8 А. Расстояние между соседними атомами 6 А. Ван-дер-ваальсов радиус углерода равен 1.71. Следовательно, для воды остается 2.58 А. Поэтому молекула воды не может поместиться между соседними атомами.

ДНК-белковый комплекс

В данном случае представлен белок, взаимодействующий с ДНК - nuclease FAN1. Нуклеазы — большая группа ферментов, гидролизующих фосфодиэфирную связь между субъединицами нуклеиновых кислот. Также есть довольно много других белков взаимодействующих с днк: гистоны, ДНК-полимеразы, хеликазы, лигазы, белки, участвующии в процессах транскрипции.