1. Запустить скрипт:

Text of the script for 1st task
Text of the script for 2nd task
Jmol output:

Водородные связи между атомами белка и ДНК.

В данном случае представлен фермнет гидролаза, катализирующий гидролиз ковалентной связи. А конкретно - нуклеаза. FAN1 влияет на нарушения, связанные с раком и дегенеративными заболеваниями, так как, грубо говоря, режет ДНК, вызывая мутации и хромосомные перестройки. В результате выполнения скрипта найдено 11 водоодных связей между ферментом и ДНК.

Подвижность белка

Из выполнения скрипта следует, что наиболее подвмжной частью белка являются его петли. Более того, петли, находящиеся между элементами вторичной структуры, менее подвижны по сравнению с хвостовыми. Можно предположить, что причиной уменьшения подвижности являются водородные связи. Так же атомы боковой цепи имеют большую подвижность, чем с-альфа атомы. Динамическое поведение белков определяется их конкретной химической структурой, наличием у полипептидной цепи конформационных степеней свободы, обусловленных относительно легким вращением атомных групп вокруг одинарных химических связей. Вторичные структуры полипептидной цепи формируют каркас молекулы белка. Боковые аминокислотные группы формируют вокруг каркаса относительно подвижную жидкоподобную среду. Cледующей по устойчивости следует белковая глобула, где гидрофобные взаимодействия существенно влияют на подвижность атомов. Подобная структура оказывается выгодной для организации химических реакций, обеспечивающих функционирование белков (например, взаимодействия фермента и субстрата).