Учебный сайт Макаровой Надежды

Построение и визуализация электронной плотности (ЭП)

Описание белка

Для работы был выбран белок с PDB ID: 1MQ7.
Для этой структуры есть карта электронной плотности (EDS map), файл структурных факторов, имеются подходящие структурные гомологи белка и опубликованные результаты расшифровки

Некоторые параметры структуры:

Количество цепей - 1

Разрешение структуры - 1.95 Å

R-Value Work - 0.197

R-Value Free - 0.226

Изображение электронной плотности вокруг остова полипептидной цепи

Для начала был скачен PDB файл

fetch 1mq7 

Затем был загружен файл с электронной плотностью

load 1mq7.ccp4, 1mq7_map

Команда для получения изображения электронной плотности вокруг остова полипептидной цепи.

 isomesh full_protein, 1mq7_map, 1, 1mq7, carve = 2

Где 1 - уровень значений электронной плотности, по которым строится поверхность (σ сигма или уровень подрезки), carve = 2 - расстояние от каждого атома в ангстремах, для которого показана электронная плотность. На Рисунке 1 представлена электронная плотность для трех уровней подрезки (σ = 0.5, 1, 2) Наиболее приемлемое изображение ЭП достигается при σ = 1, когда нет "непокрытых" участков (как при σ = 2), а плотность выглядит не так загруженно, как при σ = 0.5.

Рисунок 1. Визуализация электронной плотности вокруг полипептидной цепи при различных уровнях подрезки. Сверху вниз: при σ = 0.5, при σ = 1, σ = 2.

Изображение ЭП вокруг нескольких боковых радикалов полипептидной цепи