Страница курса биоинформатики
Факультет биоинженерии и биоинформатики

Банк EMBL

Мой белок: P0A9G8 (MODE_ECOLI)

Сравнение разных записей в EMBL

Идентификатор записи EMBL	Тип молекулы	Класс данных	Раздел EMBL	Дата создания документа	Описание	Длина последовательности
U07867;	геномная ДНК;	стандарт;	прокариоты;	06-JAN-1996;	Escherichia coli K12, substrain MC1000 molybdenum transport (modR), (modA), (modB), (modC), (modD), genes, complete cds. ;	6530;
U27192;	геномная ДНК;	стандарт;	прокариоты;	05-SEP-1995;	Escherichia coli molybdate transport operon (modA, modB, modC, modD), ModE (modE) and ModF (modF) genes, complete cds. ;	7683;
U34275;	геномная ДНК;	стандарт;	прокариоты;	03-OCT-1995;	Escherichia coli molybdenum transport protein MODA gene, complete cds. ;	1431;
U00096;	геномная ДНК;	стандарт;	прокариоты;	23-FEB-2006;	Escherichia coli K12 MG1655, complete genome. ;	4639675;
AP009048 ;	геномная ДНК;	стандарт;	прокариоты;	22-JAN-2006;	Escherichia coli W3110 DNA, complete genome. ;	4646332;

Все записи содержат информацию о геномной ДНК разных штаммов Escherichia coli. Из них только 2 записи из 5 содержат полные полные геномы (4 и 5 строчки).<\P>

Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL

Последовательности, кодирующие белок mode_ecoli в двух записях банка EMBL

Сравнивала последовательности: U07867 и U34275: процент совпадений 100%. Выравнивание:

U07867             1 atgcaggccgaaatccttctcacccttaagctccaacaaaaattattcgc     50
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U34275             1 atgcaggccgaaatccttctcacccttaagctccaacaaaaattattcgc     50

U07867            51 cgacccgcgccgcatttcgctactaaaacacattgcgctttccggttcca    100
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U34275            51 cgacccgcgccgcatttcgctactaaaacacattgcgctttccggttcca    100

U07867           101 ttagccagggagcgaaagatgccggtattagctataaaagcgcctgggat    150
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U34275           101 ttagccagggagcgaaagatgccggtattagctataaaagcgcctgggat    150

U07867           151 gccattaacgagatgaatcagttaagtgagcatattctggtcgagcgcgc    200
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U34275           151 gccattaacgagatgaatcagttaagtgagcatattctggtcgagcgcgc    200

U07867           201 aacaggcggtaaaggtggcggcggcgcagtactgacccgctatggtcagc    250
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U34275           201 aacaggcggtaaaggtggcggcggcgcagtactgacccgctatggtcagc    250

U07867           251 gactgattcagctctatgacttactggcgcaaatccagcaaaaagccttt    300
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U34275           251 gactgattcagctctatgacttactggcgcaaatccagcaaaaagccttt    300

U07867           301 gatgtgttaagtgacgatgacgccctgccgctgaacagcctgctggccgc    350
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U34275           301 gatgtgttaagtgacgatgacgccctgccgctgaacagcctgctggccgc    350

U07867           351 gatctcacgtttttcactgcaaaccagcgcccgtaaccagtggttcggta    400
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U34275           351 gatctcacgtttttcactgcaaaccagcgcccgtaaccagtggttcggta    400

U07867           401 ccatcaccgcccgcgatcatgatgacgttcaacagcatgttgatgtctta    450
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U34275           401 ccatcaccgcccgcgatcatgatgacgttcaacagcatgttgatgtctta    450

U07867           451 ctggctgacggaaaaacacgcctgaaagtcgcaattaccgcacaaagcgg    500
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U34275           451 ctggctgacggaaaaacacgcctgaaagtcgcaattaccgcacaaagcgg    500

U07867           501 cgcgcgtctggggctggatgaaggcaaagaagtgttgatattgctaaaag    550
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U34275           501 cgcgcgtctggggctggatgaaggcaaagaagtgttgatattgctaaaag    550

U07867           551 cgccgtgggtaggtattactcaggacgaggcggtcgcgcaaaacgctgac    600
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U34275           551 cgccgtgggtaggtattactcaggacgaggcggtcgcgcaaaacgctgac    600

U07867           601 aaccaattaccgggtattattagtcatattgagcgcggcgcagagcagtg    650
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U34275           601 aaccaattaccgggtattattagtcatattgagcgcggcgcagagcagtg    650

U07867           651 cgaagtattaatggcgctacccgacgggcaaacactgtgcgccacagtgc    700
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U34275           651 cgaagtattaatggcgctacccgacgggcaaacactgtgcgccacagtgc    700

U07867           701 cggtaaatgaagcgacttctcttcagcaaggacagaatgtcacggcctac    750
                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U34275           701 cggtaaatgaagcgacttctcttcagcaaggacagaatgtcacggcctac    750

U07867           751 tttaatgccgacagcgtgattatcgccacgctgtgctaa    789
                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
U34275           751 tttaatgccgacagcgtgattatcgccacgctgtgctaa    789

Знакомство с записью гена из эукариотического генома

AE006462

/gene="C11-RNP3"

complement(join(37430..37557,41558..41645,43476..43586))

Общее число экзонов в гене: 3

Длина самого длинного экзона: 128 нк.; самого короткого - 88нк.

Длина самого длинного интрона: 4001 нк.; самого короткого - 1918нк.

Переход на главную страницу