Страница курса биоинформатики
Факультет биоинженерии и биоинформатики

Филогенетические деревья

Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа
Проведен бутстреп-анализ выравнивания мутированных последовательностей, соответствующих листьям исходного дерева.
С помощью программы fseqboot создаем 100 бутстреп-реплик выравнивания:
fseqboot all.fasta -auto (получаем файл: all.fseqboot).
Далее этот файл мы подаем на вход программе fdnaml
fdnaml all.fseqboot -auto
И при помощи программы fconsense получаем нужный нам файл: 
Consensus tree program, version 3.6b

Species in order: 

  1. e
  2. d
  3. c
  4. f
  5. b
  6. a


Sets included in the consensus tree

Set (species in order)     How many times out of  100.00

....**                     100.00
..****                     82.00
..*.**                     75.00


Sets NOT included in consensus tree:

Set (species in order)     How many times out of  100.00

..**..                     18.00
.**.**                      9.00
.*.*..                      7.00
.***..                      5.00
...***                      3.00
.**...                      1.00


Extended majority rule consensus tree

CONSENSUS TREE:
the numbers on the branches indicate the number
of times the partition of the species into the two sets
which are separated by that branch occurred
among the trees, out of 100.00 trees
                                                 
                              +------b
                       +100.0-|
                +-75.0-|      +------a
                |      |
         +-82.0-|      +-------------c
         |      |
  +------|      +--------------------f
  |      |
  |      +---------------------------d
  |
  +----------------------------------e


  remember: this is an unrooted tree!

Вспомним исходное дерево из предыдущего занятия. Легко заметить, что по топологии эти деревья отличаются. Сравним разбиение этих деревьев по ветвям: 
 
	
	                                         Бутстреп-значения  

        A  B  C  D  E  F      A  B  C  D  E  F   
	*  *  .  .  .  .      *  *  .  .  .  .        100/100
	*  *  *  .  .  .      *  *  *  .  .  .        75/100
	*  *  *  .  .  *      *  *  *  .  .  *        82/100

Разбиение по ветвям совпадает, причем совпадает полностью, лишних ветвей нет, это значит, что бутстреп-анализ хорош для построения филогенетических деревьев. Цифры, которые указывают на количество деревьев, в которых присутствовала эта ветвь, достаточно велики, может быть за исключением 75. По этим цифрам можно судить о достоверности какой-либо ветки. Надо заметить, что ветка, отделяющая листья А и В, встретилась в 100% деревьев. Из всего этого можно сделать вывод,что программа хорошо справилась с поставленной задачей.

Изображение филогенетического дерева в графическом формате


С помощью программы fdrawtree мы получили визуализированное дерево, минус программы в том, что дерево получается неукорененным, хотя у нас было укорененное дерево. Зато ветви построены пропорционально эволюционным расстояниям.
© Суворова Анастасия