PAL2NAL output

              M   Q   A   E   I   L   L   T   L   K   L   Q   Q   K   L   F   A   D   P   R
MODE_ECOLI    atg cag gcc gaa atc ctt ctc acc ctt aag ctc caa caa aaa tta ttc gcc gac ccg cgc
              M   Q   A   E   I   L   L   T   L   K   L   Q   Q   R   L   F   A   D   P   R
MODE_YERPE    atg cag gcc gaa att ctt ctt aca cta aaa ctt caa cag cgc ctg ttt gcc gat cca cgc

              R   I   S   L   L   K   H   I   A   L   S   G   S   I   S   Q   G   A   K   D
MODE_ECOLI    cgc att tcg cta cta aaa cac att gcg ctt tcc ggt tcc att agc cag gga gcg aaa gat
              R   I   A   L   L   K   Q   I   Q   H   T   G   S   I   S   Q   G   A   K   L
MODE_YERPE    cgt att gca ctg tta aag caa att cag cat acc ggt tcc atc agc cag gga gcc aag ctc

              A   G   I   S   Y   K   S   A   W   D   A   I   N   E   M   N   Q   L   S   E
MODE_ECOLI    gcc ggt att agc tat aaa agc gcc tgg gat gcc att aac gag atg aat cag tta agt gag
              A   G   I   S   Y   K   S   A   W   D   A   I   N   D   M   N   T   L   S   E
MODE_YERPE    gcg ggt atc agc tat aaa agt gcc tgg gat gcc ata aat gac atg aat aca ctg tcc gag

              H   I   L   V   E   R   A   T   G   G   K   G   G   G   G   A   V   L   T   R
MODE_ECOLI    cat att ctg gtc gag cgc gca aca ggc ggt aaa ggt ggc ggc ggc gca gta ctg acc cgc
              E   I   L   V   E   R   A   T   G   G   K   G   G   G   G   A   H   L   T   R
MODE_YERPE    gag ata ctg gtt gaa cgg gcc act ggc ggc aaa ggt gga ggg ggt gca cat ctg acc cgc

              Y   G   Q   R   L   I   Q   L   Y   D   L   L   A   Q   I   Q   Q   K   A   F
MODE_ECOLI    tat ggt cag cga ctg att cag ctc tat gac tta ctg gcg caa atc cag caa aaa gcc ttt
              Y   G   E   R   L   I   Q   L   Y   D   L   L   A   T   I   Q   Q   K   A   F
MODE_YERPE    tac ggt gaa cgc tta atc cag ctt tat gat tta ctc gca acc atc cag caa aaa gcc ttt

              D   V   L   S   D   D   D   A   L   P   L   N   S   L   L   A   A   I   S   R
MODE_ECOLI    gat gtg tta agt gac gat gac gcc ctg ccg ctg aac agc ctg ctg gcc gcg atc tca cgt
              D   T   L   K   -   D   D   S   L   P   L   D   S   L   L   A   A   I   S   R
MODE_YERPE    gat acc ctg aaa --- gat gat tca ctg ccg ctg gac agc ttg ctg gcg gca att tcc cgt

              F   S   L   Q   T   S   A   R   N   Q   W   F   G   T   I   T   A   R   D   H
MODE_ECOLI    ttt tca ctg caa acc agc gcc cgt aac cag tgg ttc ggt acc atc acc gcc cgc gat cat
              F   S   L   Q   T   S   A   R   N   Q   F   F   G   T   L   I   E   R   D   H
MODE_YERPE    ttt tca ctg caa acc agc gcc cgt aat caa ttt ttc ggt acc ctt att gaa cgc gac cac

              D   D   V   Q   Q   H   V   D   V   L   L   A   D   G   K   T   R   L   K   V
MODE_ECOLI    gat gac gtt caa cag cat gtt gat gtc tta ctg gct gac gga aaa aca cgc ctg aaa gtc
              Q   Q   V   Q   Q   H   V   N   I   L   L   S   D   G   K   T   R   L   T   A
MODE_YERPE    cag cag gtg caa cag cat gtc aat att ctg cta tcg gac ggt aaa act cgc tta acg gcg

              A   I   T   A   Q   S   G   A   R   L   G   L   D   E   G   K   E   V   L   I
MODE_ECOLI    gca att acc gca caa agc ggc gcg cgt ctg ggg ctg gat gaa ggc aaa gaa gtg ttg ata
              A   I   T   Q   Q   S   A   D   R   L   Q   L   S   A   G   K   E   V   L   A
MODE_YERPE    gcg atc acc caa caa agc gcg gat cgc ctg caa ctt tca gca ggt aaa gaa gtg ctg gca

              L   L   K   A   P   W   V   G   I   T   Q   D   E   A   V   A   Q   N   A   D
MODE_ECOLI    ttg cta aaa gcg ccg tgg gta ggt att act cag gac gag gcg gtc gcg caa aac gct gac
              L   I   K   A   P   W   V   K   L   V   T   D   P   A   L   A   G   A   A   D
MODE_YERPE    ttg att aaa gca cct tgg gta aaa ctg gtt acc gat ccg gca ctg gca ggt gca gcg gat

              N   Q   L   P   G   I   I   S   H   I   E   R   G   A   E   Q   C   E   V   L
MODE_ECOLI    aac caa tta ccg ggt att att agt cat att gag cgc ggc gca gag cag tgc gaa gta tta
              N   A   L   P   G   T   V   A   S   I   E   P   G   N   D   H   S   E   V   I
MODE_YERPE    aac gca ttg ccg gga acg gtc gcc agc att gag ccg ggc aac gat cat agc gaa gtt att

              M   A   L   P   D   G   Q   T   L   C   A   T   V   P   V   N   E   -   -   A
MODE_ECOLI    atg gcg cta ccc gac ggg caa aca ctg tgc gcc aca gtg ccg gta aat gaa --- --- gcg
              V   T   L   T   G   G   A   N   L   C   S   T   Q   N   N   S   E   L   H   A
MODE_YERPE    gtc acc tta act ggc ggg gcc aac ctg tgt tca acc caa aac aac agc gaa ctc cat gcg

              T   S   L   Q   Q   G   Q   N   V   T   A   Y   F   N   A   D   S   V   I   I
MODE_ECOLI    act tct ctt cag caa gga cag aat gtc acg gcc tac ttt aat gcc gac agc gtg att atc
              L   N   L   R   V   G   S   A   V   I   A   Q   F   N   A   D   R   V   I   I
MODE_YERPE    ctg aat tta cgg gtt ggc agt gcc gtc att gca caa ttc aat gca gat cgg gtg att atc

              A   T   L   C
MODE_ECOLI    gcc acg ctg tgc
              A   T   L   C
MODE_YERPE    gcc aca ttg tgt