Практикум 2.
Задание 1
В этом задание я построила A-, B- и Z- формы ДНК (из 5-кратного повторения GATC). Ссылки на них здесь:
A-форма ДНК
B-форма ДНК
Z-форма ДНК
Задание 2
Для выполнения этого задания я выбрала B-форму ДНК.В её модели было определено расположение тимина, мною был выбран Т19:
В сторону большой бороздки обращены атомы: t19.c4, t19.c5, t19.c6, t19.c7,t19.o4
В сторону малой бороздки обращены атомы: t19.c2, t19.o2
Рис.1. Тимин, красным цветом выделены атомы , обращенные в сторонуу большой борозды , а синим - в малыую.
| - |
Тип спирали |
Шаг спирали, Å |
Число оснований на виток |
Ширина малой бороздки, Å |
Ширина большой бороздки, Å |
| A-форма |
Правая |
28,03 |
11 пар |
7,98 (T11:A-C24:B) |
16,81 (T39:B - C4:A) |
| B-форма |
Правая |
33,75 |
10 пар |
11,69 (C20:A - G25:B) |
17,21 (A12:A - A26:B) |
| Z-форма |
Левая |
42,35 |
12 пар |
7,20(G13:A - G31:B) |
18,3(C20:A - C58:B) |
Таб 1. Сравнительная характеристика форм ДНК
Задание 3
С помощью пакета 3DNA была иссследована тРНК:1gts
Упр 1. Торсионные углы тРНК 1gts
Рис.2.Strand 1 of tRNA 1gts
Рис.3. Strand 2 of tRNA
Данная тРНК,1gts, наиболее похожа на А-форму ДНК
Упр 2. Структура тРНК
Ищу стебли:
2-7 (компл: 66-71) - ацепторный стебель
49-55 (компл: 18-65) - Т-стебель
37-44 (компл: 26-33) - антикодоновый стебель
10-15 (компл: 48-25) - D-стебель
Рис.4.Нуклеотиды, образующие стебли во вторичной структуре тРНК 1gts
Дополнительная водородная связь только одна: 19-56.
Неканонические пары азотистых оснований:
54_:[..U]U-**--A[..A]:..58
55_:[..U]U-**+-G[..G]:..18
38_:[..U]U-*---U[..U]:..32
44_:[..C]C-**--A[..A]:..26
13_:[..A]A-**+-A[..A]:..45
14_:[..A]A-**--U[..U]:...8
15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48