Практикум 3.
Задание 1. Предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных повторов
Исследуем тРНК 1gts с помощью einverted (пакет EMBOSS)
Команда einverted: einverted -sequence 1GTS.fasta -gap 12 -threshold 10 -match 3 -mismatch -3 -outfile einverted -outseq 1gts.outseq
Рис.1. С помощью einverted был найден один инвертированный повтор.
Исследуем тРНК 1gts с помощью алгоритма Зукера (пакет ViennaRNA).
Рис.2. Cтруктура, предсказанная алгоритмом Зукера, для 1GTS.
| - | Позиция в структкре(find_pair) | Результаты предсказания einverted | Результаты предсказания RNAfold |
|---|---|---|---|
| Aкцептоный стебель | 2-7...71-66 | 1-6...69-64 | 1-6...69-64 |
| D-стебель | 10-12...25-23 | ... | 9-11...23-21 |
| Т-стебель | 49-53...65-61 | ... | 47-51...63-59 |
| Антикодоновый стебель | 37-44...33-26 | ... | 29-25...37-41 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 22 | 6 | 19 |
Таб 1. Сравнительная таблица предсказывания вторичной структуры тРНК
Задание 2.Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
В этом заалнии необзодимо было найти ДНК-белковые контакиы в структуре 1PP8
Определите множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы (set1).
Определите множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2).
Определите множество атомов азота в азотистых основаниях (set3).
| Контакты атомов белка | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| С остатками 2'-дезоксирибозы | 1 | 13 | 14 |
| С остатками фосфорной кислоты | 7 | 5 | 12 |
| С остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 2 | 4 | 6 |
| С остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 2 | 0 | 2 |
Таб 2. ДНК-белковые контакты в 1PP8
Задание 3,4.Nuclplot
С помощью программы nucplot(kodomo) получили файл со схемой днк-белковых контактов
Рис.3.Lys79- 4 контакта с фосфатными группами.
