Практикум 10.Поиск в нуклеотидных банках по аннотации. Выравнивание геномов

Выбор организма

Мной были выбраны два подвида вида бактерий Methanobrevibacter smithii - анаэробная архебактерия, производящая метан в кишечнике человека. (GCF_022846155.1 и GCF_028743435.1)

Было сделано выравнивание по хромосоме NZ_AP025586.1 из Methanobrevibacter smithii strain CE91-St67 и NZ_CP117965.1 из Methanobrevibacter smithii ATCC 35061 strain DSM 861.

Рис.1. Карта локального сходства хромосом , построенная с использованием алгоритма megablast

Рис.2. Карта локального сходства хромосом, построенная с использованием алгоритма blastn.

Что видим? - посередине инверсия большого участка, в правом верхнем углу и левом нижнем несколько делеций. Аналогично для blastn, но с большим количеством рассеяных точек и шума.