Филогенетическое дерево. Практикум 1

Выбранные бактерии(брала из списка через одну , начиная со второй):

Yersinia pestis	Pasteurella multocida	Shewanella denitrificans	Burkholderia mallei	Acidiphilium cryptum	Paracoccus denitrificans	Bartonella henselae
YERPE	PASMU	SHEDO	BURMA	ACICJ	PARDP	BARHE

Скобочная формула дерева:((((YERPE,PASMU),SHEDO),BURMA),(ACICJ,(PARDP,BARHE)))

Изображение дерева:

Ветви дерева:

1){YERPE,PASMU,SHEDO} vs {BURMA,ACICJ,PARDP,BARHE}

2){YERPE,PASMU} vs {SHEDO,BURMA,ACICJ,PARDP,BARHE}

3){YERPE,PASMU,SHEDO,BURMA} vs {ACICJ,PARDP,BARHE}

4){PARDP,BARHE} vs {YERPE,PASMU,SHEDO,BURMA,ACICJ}

Практикум 2

Задание 1

Алгоритмы филогенетической реконструкции(таксономические категории):

Mnemonic	Bacterial species	Genus	Family	Order	Class	Phylum
YERPE	Yersinia pestis	Yersinia	Yersiniaceae	Enterobacterales	Gammaproteobacteria	Pseudomonadota
PASMU	Pasteurella multocida	Pasteurella	Pasteurellaceae	Pasteurellales	Gammaproteobacteria	Pseudomonadota
SHEDO	Shewanella denitrificans	Shewanella	Shewanellaceae	Alteromonadales	Gammaproteobacteria	Pseudomonadota
BURMA	Burkholderia mallei	Burkholderia	Burkholderiaceae	Burkholderiales	Betaproteobacteria	Pseudomonadota
ACICJ	Acidiphilium cryptum	Acidiphilium	Acetobacteraceae	Rhodospirillales	Alphaproteobacteria	Pseudomonadota
PARDP	Paracoccus denitrificans	Paracoccus	Paracoccaceae	Rhodobacterales	Alphaproteobacteria	Pseudomonadota
BARHE	Bartonella henselae	Bartonella	Bartonellaceae	Hyphomicrobiales	Alphaproteobacteria	Pseudomonadota

Названия ветвей:

1.Alphaproteobacteria:(ACICJ, PARDP,BARHE)

2.Gammaproteobacteria:(YERPE,PASMU,SHEDO)

3.Gammaproteobacteria + Betaproteobacteria: (YERPE,PASMU,SHEDO,BURMA)

4.Phylum:Pseudomonadota: (ACICJ, PARDP,BARHE,YERPE,PASMU,SHEDO,BURMA)

Задание 2

Реконструирование филогенетического дерева

Из списка функций белков я выбрала PURA и составила список идентификаторов белков: PURA_ACICJ, PURA_PARDP, PURA_BARHE, PURA_YERPE, PURA_PASMU, PURA_SHEDO, PURA_BURMA и после вставила список в форму загрузки из Uniprot(файл:puro_bacteries.fasta)

В целом, функция белка PURA является многоаспектной и может различаться в зависимости от контекста и типа клетки. Он имеет значительное влияние на регуляцию генной экспрессии и участвует в различных биологических процессах, необходимых для правильного функционирования организма.

Например:Белок PURA, закодированный геном с мнемоникой ACICJ, играет ключевую роль в регуляции генов и участвует в множестве биологических процессов, обеспечивая координацию и контроль над экспрессией генов, результат с другими мнемониками плюс-минус такой же.