После открыла выравнивание в Jalview, использовала remove redundancy 100-90-80% все остались(послежовательностей вообщем-то немного) , покрасила Clustal, при пороге идентичности 100% был найден большой консервативный мотив: .KI[RS]QQLQ.[LA]RD. Провела поиск по этому паттерну во всем выравнивании в выравнивании он соответствует ->12 последовательностям.
img 5. Для работы был выбран новый мотив: [IAL]KHP[EV]N[NT]F[VI] (выделен)
img 6. Мотив встретился только в выбраной кладе
PSI-BLAST
Выбрала P47908, Фактор способствующий гибернации рибосом. Белок HPF (фактор способствующий гибернации рибосом) играет важную роль в регулировании активности рибосом в условиях стресса или пониженных метаболических потребностей клетки. Во время недостатка питательных веществ или других стрессовых условий HPF способствует временной инактивации рибосом, что ведет к минимизации белкового синтеза и сохранению энергии клетки.
Номер итерации
Число находок выше порога (0,005)
Идентификатор худшей находки выше порога
E-value этой находки
Идентификатор лучшей находки ниже порога
E-value этой находки
1
24
P30334.1
0.004
P47908.2
3,00E-143
2
28
P9WMA8.1
3,00E-06
P47908.2
5,00E-88
3
28
P24694.1
4,00E-21
P47908.2
4,00E-82
4
28
P24694.1
4,00E-21
P47908.2
4,00E-82
К уже 4 итерации результаты стабилизировались. Можно предположить, что эти белки относятся к одному семейству так как вышепреведенне,обнаруженные белки оказались либо факторами гибернации рибосом, либо другими родственными белками, ассоциированными с рибосомами.
