11. Гомология и выравнивание

Описание семейства

AC:PF18093

ID:Trm5_N

Название: tRNA methyltransferase 5 N-terminal domain

seed: 34

full: 230

число доменных архитектур: 4

3D-структуры: 8

Функция домена:

Это N-концевой домен тРНК-метилтрансферазы 5 (Trm5), присутствующий в Methanocaldococcus jannaschii. Trm5 катализирует перенос метила от S-аденозилметионина (AdoMet) к N1 G37. Этот домен, также известный как домен D1, контактирует с третичным сердцевинным (локтевым) участком L-формы тРНК в тройном комплексе фермента с тРНК и AdoMet.

В этом семействе находятся следующие домены:

Trm5_N, Met_10

Trm5_N

Trm5_N, Met_10 x 2

Trm5_N, Met_10, 7tm_1, Glyco_transf_29 x 2

-Распределение встречаемости семейства доменов по видам (желто-красный - Archea, фиолетовый- Eukaryota)

Выравнивание seed

Color => Clustal;

ссылка на множественное выравнивание seed

Color => Above identity threshold: 100%:

Cсылка на множественное выравнивание seed c порогом identity равным 100%

50%:

Cсылка на множественное выравнивание seed c порогом identity равным 50%

В данном выравнивании был найден один блок с совпадающей аминокислотой у всех последовательностей-column 42 с пролином. Наиболее достоверными блоками являются блоки 16 (82% идентичности) и 13 (79% идентичности)

Минимально достоверным блоком является блоки с 32 по 35 и 45-55

Гомология последовательностей наиболее выражена ,в основном, в первой половине: начиная с первых колонок, далее идет протяженные консервативные блоки и также есть меньшая ,но с высоким процентом идентичности часть ближе к концу выравнивания. Что можно сделать вывод о гомологии всех последовательностей