Практикум 9. Выравнивание последовательностей

Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Septum site-determining protein MinD	MIND_ECOLI	MIND_BACSU	598.5	43.1%	66.3%	14	4
Cell division protein ZapA	ZAPA_ECOLI	ZAPA_BACSU	41.5	13.2%	29.8%	48	4
3-isopropylmalate dehydratase large subunit	LEUC_ECOLI	LEUC_BACSU	1492.5	59.1%	74.0%	16	4

Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белко

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Septum site-determining protein MinD	MIND_ECOLI	MIND_BACSU	601.5	43.6%	67.0%	12	5	99.6%	99.5%
Cell division protein ZapA	ZAPA_ECOLI	ZAPA_BACSU	50.0	16.5%	48.1%	9	3	70.6%	84.7%
3-isopropylmalate dehydratase large subunit	LEUC_ECOLI	LEUC_BACSU	1494.5	60.4%	75.6%	9	2	99.4%	97.8%

Таблица 3.Характеристики глобального парного выравнивания неродственной пары белков

ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
SYGA_ECOLI	RHAA_BACSU	21.5	9.1%	15.8%	411	21

Таблица 4.Характеристики локального парного выравнивания неродственной пары белков

ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
SYGA_ECOLI	RHAA_BUCSU	34.0	21.7%	37.6%	70	14	79,5%	35,6%

Для следующего задания я выбрала белки с мнемоникой функции LEUC, рекомендованное полное имя из LEUC_ECOLI - 3-isopropylmalate dehydratase large subunit. Помимо кишечной палочки и сенной палочки было найдено 561 организма с этой мнемоникой, для анализа я выбрал белки с ID :

1.LEUC_YEAST (organism: Saccharomyces cerevisiae (Baker's yeast)) ;

2.LEUC_ARATH (organism: Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) );

3.LEUC_MUCCL (organism : Mucor circinelloides f. lusitanicus);

4.LEUC1_SALTY (organism :Salmonella typhimurium);

5.LEUC_AZOSB (organism : Azoarcus sp);

Выравнивание делалось в программе Jalview с использованием программы Muscle with Defaults.

ссылка на выравнивание

По выравниванию можно сделать вывод , что белки гомологичны. В выравнивание есть довольно много консервативных участков с высоким процентом индетичгности, причем около 100 блоков имеют 100% идентичность.