Многофункциональный гибридный белок - Бактерии Methylocystis heyeri
Выбор белка:
Для того , чтобы найти белок своей бактерии ("Methylocystis heyeri"), В Advanced Search выбрав поле Taxonomy [OC] ввела номер 391905.Запрос показал 4809 результатов.Затем слева в колонке Annotation score выбрала самую высокую из предлоденных степеней анотации - 4 (Оценки аннотаций помогают быстро получить представление об относительном уровне аннотаций записей в результатах поиска) и после, количество белков для выбора сократилось до 13. Поэтому среди 4 степени анннотации выбор белка сделала по названию. Многофункциональных гибридный белок приглянулся тем, что выполняет 2 функции катализирования.
Информация о белке:
Database: TrEMBL
ID: A0A6B8KE04_9HYPH
AC: A0A6B8KE04
Version: 10
Name: Multifunctional fusion protein
TaxID: 391905
INSDC: CP046052
Length: 595
MW:64056
Название:Многофункциональный гибридный белок
Функции:Белок катализирует превращение 3-дезокси-D-арабино-гептулозонат-7-фосфата (DAHP) в дегидрохинат (DHQ), а также катализирует специфическое фосфорилирование 3-гидроксильной группы шикимовой кислоты с использованием АТФ в качестве косубстрата.
Кластеры похожих белков
ID: UniRef100_A0A6B8KE04
Size: 1
Lenght:595
Name: Multifunctional fusion protein
ID: UniRef90_A0A6B8KE04
Size: 1
Lenght:595
Name: Multifunctional fusion protein
ID: UniRef50_A0A433B0I3
Size: 144
Lenght:592
Name: Multifunctional fusion protein
Поисковый запрос:
1) Сначала я решила проверить, встречается и в каком количестве данный белок у бактерий(эубактерии); запрос:(gene:aroK) AND (taxonomy_id:2) получаем большой результат из 44,133, если запосить ген , кодируемый данный белок у человека или вирусов, то запрос результата не даст , что говорить о том , чо данный белок не встречается у человека или вирусов, зато распространен среди бактерий
2) Потом решила найти белки aroK, для которых известен каталитический механизм:(gene:aroK) AND (cc_catalytic_activity:*) получилось 45,268 , из них 394 Reviewed(swiss-prot) и 44,874 unreviewed (TrEMBL)
3) Далее я искала встречаемость названия белока у других представителей этого рода(Methylocystis): (protein_name:"Multifunctional fusion protein") AND (taxonomy_id:133) в рузультате запроса можно увидеть 14 организмов с таким же названием
4) Последовательность данного белка последний раз была загружена 03-May-2023,поэтому решила посмотреть находили ли этот белок в других организмах рода Methylocystis,начиная с 2015: (protein_name:"Multifunctional fusion protein") AND (lit_pubdate:[2015-05-30 TO 2023-05-29]) AND (taxonomy_id:133) , в рузультате начиная с 2015 по 2023 было найдено 12, считая и Methylocystis heyeri