Изображение выравниваний

Для шести последовательностей:

E1QDZ9_DESB2;

I4WSV9_9GAMM;

Q3ST45_NITWN;

D4LNP2_9FIRM;

C4M3I7_ENTHI;

D2S0R9_HALTV;

Рис.1 Выравнивание шести последовательностей

Возможно, последовательность D4LNP2_9FIRM не гомологична другим. Удалим ее из выравнивания.

Рис.2 Выравнивание без последовательности D4LNP2_9FIRM

Последовательность C4M3I7_ENTHI также сильно отличается от остальных, попробуем удалить из выравнивания её.

Рис.3 Выравнивание без последовательности C4M3I7_ENTHI

Попробуем удалить обе непохожие последовательности из выравнивания

Рис.4 Выравнивание без D4LNP2_9FIRM и C4M3I7_ENTHI

По моему мнению обе последовательности: и D4LNP2_9FIRM, и C4M3I7_ENTHI – не гомологичны четырем другим. В выравниваниях из пяти последовательностей (рис.2, рис.3) мало консервативных и абсолютно консервативных колонок, не возможно выделить ни одного блока. Последовательности, выравнивание которых представлено на рис.4, очевидно гомологичны. Выделить одну лишнюю последовательность я не могу.

Ссылки

Выравнивание гомологичных последовательностей в формате FASTA и MSF

Проект JalView