Было дано множественное выравнивание, полученное в прошлом практикуме. Мы выделили вертикальные блоки. Вертикальный блок это участок множественного выравнивания, обладающий следующими свойствами:
Всего было найдено 3 вертикальных блока.
Ниже можно посмотреть на полученный результат:
Для блока 22-41 посчитали число и процент абсолютно консервативных позиций; абсолютно функционально консервативных.
Результаты можно посмотреть в таблице 1.
| Позиции | Число колонок | Процент, % |
| Абсолютно консервативные | 8 | 40 |
| Абсолютно функционально консервативные | 8 | 40 |
| Всего | 20 | 100 |
Далее я отметила группу H среди некоторых последовательностей, причём так, что аминокислотные остатки консервативны только в этой группе, но не консервативны во всей колонке. Ниже можно посмотреть на результат работы:
Для самого длинного участка выравнивания, не входящего в состав блоков (позиции 78 – 106), посчитали число и процент позиций с гэпами. 2 позиции с гэповыми колонками, т.е. 7.1%. Участок отметили символом X, рисунок ниже.
>Consensus/22 - 41 Percentage Identity Consensus
IGISDFAQDQLGDVVFVELP
Паттерн:
[I,V]-G-[I,V]-[S,T]-[D,G]-[F,H,Y]-A-Q-[D,S]-[Q,E]-L-G-[D,K]-[Y,I,L]-V-[F,Y]-[V,I]-[E,D]-L-P
В выранвнивание 4 гомологичных последовательностей была добавлена 1 заведомо негомологичная последовательность. После чего с помощью программы Muscle было построено множественное выравнивание. Я смогла найти 2 коротких "блока" в этом выравнивании. Ниже представлено само выранвнивание:
Построили множественное "выравнивание" заведомо негомологичных белков. Мы видим многочисленные длинные гэпы, редкие совпадения. Следуя определению, не получается выделить ни одного вертикального блока.
