Uniprot и Refseq Protein
В таблице представлена информация об анаэробной рибонуклеотид редуктазе из организма Thermotoga maritima
| Uniprot ID | Q9WYL6_THEMA |
| Uniprot AC | Q9WYL6; G4FHU6 |
| Refseq ID | NP_228195.1, WP_004083208.1 |
| PDB ID | 4COI; 4COJ; 4COL; 4COM; 4CON; 4U3E |
| длина | 651 AК остатков |
| молекулярная масса | 75581 Да |
| рекомендуемое Unirpot название | -- |
В записи нет поля RecName.
Кластеры, включающие данный белок
| Кластер | Описание | ID кластера | Кол-во белков в кластере |
| UniRef100 | Объединяет идентичные последовательности и суб-фрагменты с минимум 11 остатками из разных организмов в одну запись | UniRef100_Q9WYL6 | 1 |
| UniRef90 | Объединяет последовательности, минимум на 90% идентичные и на 80% перекрывающиеся с самой длинной последовательностью в кластере. | UniRef90_Q9WYL6 | 10 |
| UniRef50 | Объединяет последовательности, минимум на 50% идентичные и на 80% перекрывающиеся с самой длинной последовательностью в кластере. | UniRef50_Q9WYL6 | 19 |
В кластер UniRef100 входит один белок. В кластеры UniRef50 и UniRef90 входят белки из организма одного рода Thermotoga , но разных видов: Thermotoga maritima, Thermotoga naphthophila, Thermotoga petrophila, Thermotoga naphthophila, Thermotoga neapolitana.
Описание сеансов поиска в Unirpot и их результаты
Для каждого поиска указан текст запроса, сколько нашлось белков, сколько из них — из раздела Reviewed (т.е. Swiss-Prot).
Поиск по рекомендованному названию своего белка.
На самом деле, у данного белка нет рекомендованного названия, поэтому используем Submitted name (SubName): «Ribonucleotide reductase of class III (Anaerobic), large subunit»
- Текст поиска:
- name:"ribonucleotide reductase of class 3 anaerobic large subunit"
- Количество белков
- 252
- Все Unreviewed
___________________
- Текст поиска:
- name:"ribonucleotide reductase"
- Количество белков 5828
- Из них Reviewed ( Swiss-Prot) 204
___________________
- Текст поиска:
- name:"ribonucleotide reductase" name:anaerobic
- Количество белков
- 667
- Из них Reviewed ( Swiss-Prot)
- 8
___________________
- Текст поиска:
- name:"ribonucleotide reductase of class 3" name:anaerobic
- Количество белков
- 389
- Из них Reviewed ( Swiss-Prot)
- 0
Поиск по тому же названию среди белков из организмов того же семейства (family).
Таксономическое положение организма указано в поле ОС. Пользуясь базой NCBI Taxonomy, выяснили, что Thermotoga maritima относится к семейству Thermotogaceae, к отделу Thermotogae
| Cодержимое поля ОС |
| Bacteria; Thermotogae; Thermotogales; Thermotogaceae; Thermotoga. [NCBI Taxonomy] |
- Поиск по семейству
- Текст поиска:
- taxonomy:thermotogaceae
- Количество белков
- 25608
- Из них Reviewed ( Swiss-Prot)
- 1496
___________________
- Поиск по отделу
- Текст поиска:
- taxonomy:thermotogae
- Количество белков
- 64,568
- Из них Reviewed ( Swiss-Prot)
- 2381
Проведем поиск по названию белка в разных таксонах
Проведем поиск по названию lysozyme (лизоцим – антибактериальный агент, гидролизует муреин и таким образом разрушает клеточные стенки бактерий) в трех вариантах:
- Без ограничения на организмы
- Текст поиска:
- name:lysozyme
- Количество белков
- 15,096
- Из них Reviewed ( Swiss-Prot) 224
- Дополнительно
- Если искать просто lysozyme, тогда получам 125,021 записей, из которых 979 аннотированных.
___________________
- В крупном таксоне Metazoa:
- Текст поиска:
- name:lysozyme taxonomy:metazoa
- Количество белков
- 1313
- Из них Reviewed ( Swiss-Prot)
- 148
___________________
- В более мелком таксоне Аrthropoda
- Текст поиска:
- name:lysozyme taxonomy:arthropoda
- Количество белков
- 492
- Из них Reviewed ( Swiss-Prot)
- 17
Поиск по названию трипсин
- Текст поиска:
- name:trypsin
- Количество белков
- 11134
- Из них Reviewed ( Swiss-Prot)
- 301
- Текст поиска:
- name:trypsin name:inhibitor
- Количество белков
- 2791
- Из них Reviewed ( Swiss-Prot)
- 203
____________________
Если искать «trypsin inhibitor» то в основном находятся ингибиторы трипсина или ингибиторы других белков. На самом деле, отдельно слов "трипсин" (не ингибитор) мне не встретилось, но я просмотрела, возможно не достаточно внимательно, только первые 10 страниц, по 100 записей на каждой.