load =1i3j
delete hoh
select all
cpk off
wireframe off
select dna 
wireframe 20

define polar_prot  :a.O* or :a.N* or :a.O or :a.N or :a.O?? or :a.N??
define nonpolar_prot  protein and (not polar_prot)
define bgroove_polar (DA.N7 or DA.N6) or (DG.O6 or DG.N7)  or (DC.N4) or (DT.O4)
define bgroove_nonpolar (DA.C6 or DA.C5) or (DG.C6 or DG.C5 or DG.C8) or (DC.C6 or DC.C5 or DC.C4) or (DT.C6 or DT.C5 or DT.C4 or DT.C7)
define sgroove_polar (DA.N3 or DA.N9) or (DG.N2 or DG.N3 or DG.N9) or (DC.O2 or DC.N1) or (DT.O2 or DT.N1)
define sgroove_nonpolar (DA.C2 or DA.C4) or (DG.C2 or DG.C4) or (DC.C2) or (DT.C2 or DT.C6)
define sugar_polar :b.O?' or :c.O?'
define sugar_nonpolar :b.C?' or :c.C?'
define p_polar :b.OP? or :c.OP?
define p_nonpolar :b.P or :c.P

# Полярные + остатками 2'-дезоксирибозы
select polar_prot  and  within (3.5, sugar_polar)
select sugar_polar  and  within (3.5, polar_prot)


# Полярные + остатками фосфорной кислоты
select polar_prot  and  within (3.5, p_polar)
select p_polar  and  within (3.5, polar_prot)

# Полярные + остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки
select polar_prot  and  within (3.5, bgroove_polar)
select bgroove_polar  and  within (3.5, polar_prot)


# Полярные + остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки
select polar_prot  and  within (3.5, sgroove_polar)
select sgroove_polar  and  within (3.5, polar_prot)

# Неполярные + остатками 2'-дезоксирибозы
select nonpolar_prot  and  within (4.0, sugar_nonpolar)
select sugar_nonpolar  and  within (4.0, nonpolar_prot)

# Неполярные + остатками фосфорной кислоты
select nonpolar_prot  and  within (4.0, p_nonpolar)
select p_nonpolar  and  within (4.0, nonpolar_prot)

# Неполярные + остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки
select nonpolar_prot  and  within (4.0, bgroove_nonpolar)
select bgroove_nonpolar  and  within (4.0, nonpolar_prot)


# Неполярные + остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки
select nonpolar_prot  and  within (4.0, sgroove_nonpolar)
select sgroove_nonpolar  and  within (4.0, nonpolar_prot)