Филогенетические деревья
Укоренение в среднюю точку
По белкам семейства Пептидил-тРНК гидролаз было реконструировано филогенетическое дерево методом Neighbor-Joining using % identity.
Построенное дерево было переукоренено в среднюю точку программой retree пакета PHYLIP.
Рис.1 Дерево, переукорененное в среднюю точку
Сравним полученное дерево с деревом, построенным в предыдущем практикуме
Рис.2 Проверенное дерево, построенное в предыдущем практикуме
Укоренение произошло в тривиальную ветвь {LACAC} против {CLOBA, FINM2, STRP1, BACAN, BACSU, LISMO, STAAR}. Такое укоренение нельзя считать правильным, т.к. достоверное дерево укоренено в ветвь {CLOBA, FINM2} против {LACAC, STRP1, BACAN, BACSU, LISMO, STAAR}. Как можно заметить, данное дерево отличается по топологии от построенного ранее. На нем есть нетривиальные ветви {BACAN, BACSU, LISMO, STAAR} и {CLOBA, FINM2} против {LACAC, STRP1, BACAN, BACSU, LISMO, STAAR}, но нет ветви {LACAC, STRP1} против {CLOBA, FINM2, BACAN, BACSU, LISMO, STAAR}.