Краткое описание генома бактерии Streptomyces avermitilis MA-4680 = NBRC 14893
Эти бактерии широко распространены в природе, особенно в почве.
Рис.1 Микрофотография Стрептомицетов [4]
В настоящее время насчитывается 364 известных видов этого рода, многие из которых являются важнейшими промышленными производителями антибиотиков и других вторичных метаболитов, антибактериальных, противогрибковых, противовирусных, противоопухолевых, а также иммунодепрессантов и т. д. Стрептомицеты играют важную роль в почвенной среде, потому что их разнообразный метаболизм позволяет им разлагать нерастворимые остатки других организмов, в том числе такие устойчивые соединения, как лигноцеллюлоза и хитин. Стрептомицеты могут образовывать одновременно подземный и надземный псевдомицелий. Последнее указывает на характерный тип ветвления, и в ходе сложного жизненного цикла стрептомицетов эти гифы частично превращаются в цепочки спор, которые часто называют конидиями или артоспорами. Важной особенностью стрептомицетов является наличие в клеточных стенках пептидогликана I типа, который содержит свойственные ему глициновые межпептидные мостики. Еще одна примечательная черта Стрептомицетов в том, что они содержат не кольцевые, а линейные хромосомы (очень большие по размеру) с различными теломерами. Линейные хромосомны ДНК крайне нестабильны и часто подвергаются большим перестановкам в концевых фрагментах. Эти перестановки представляют собой удаление нескольких сотен тысяч нуклеотидов и дальнейшее их встраивание в соседную последовательность, что ведет к метаболическому разнообразию внутри группы Стрептомицетов. Секвенирование нескольких штаммов Стрептомицетов направлено отчасти на понимание механизмов, участвующих в процессах выработки авермектина, поскольку этот организм является известным производителем данного антипаразитарного препарата, который широко используется для избавления домашних животных от заражения нематодами и насекомыми. [1]
Рис.2 Молекулярная структура авермектина [2]
Полное исследование генома бактерии было завершено в 2003 году. [2]
Геном Streptomyces avermitilis представлен линейной двуцепочечной молекулой ДНК размером 9025608 п.н. содержащую 7581 гена, кодирующих белки, процент % Г+Ц пар составляет 70,7 %. [3]
Источники:
[1]NCBI:Streptomyces avermitilis
[2] www.wikipedia.org
[3] Genome Project of Streptomyces avermitilis
[4] http://www.bio.nite.go.jp