Краткое описание генома вируса Apple latent spherical virus

Это небольшой сферический вирус около 25 нм в диаметре, и состоит из двух сегментов, однонитевой РНК (RNA1 и RNA2) и трех типов протеинов покрова (Vp25, Vp20, и Vp24) [1,2]. ALSV в экспериментальных условиях при удалении от своего основного хозяина (яблоко) имеет широкий круг хозяев, включающий растения из рода Nicotiana (сорта Н. Н. benthamiana, Н. occidentalis И Н. клейкая), помидоры, картофель из семейства Пасленовых, и члены семейства тыквенных (огурцы, дыни, кабачки и тыквы губка), семейства fabaceae (соя, adzukis, горох, и бобы), и семейство розоцветные (яблоки, груши, японской груши, персики и сливы) [1,3]. В таблице 1 приведены некоторые важные количественные и качественные показатели, характеризующие Apple latent spherical virus.

Таблица 1. Основные параметры генома вируса Apple latent spherical virus.

Параметр	Значение
Английское (или латинское) название вируса	Apple latent spherical virus
Русское название вируса	Яблочный латентный сферический вирус
Количество фрагментов в полном геноме	2
Общая длина генома (п.н.)	6812
Количество кодируемых в геноме полипептидов	2
Количество "зрелых" вирусных белков	11

Ниже приведена последовательность кратчайшего белка Apple latent spherical virus.

 >NP_620568.1 235K polyprotein
MDEGSCCPRSQIQTRSQREARRKAWEASEEAAWVRDYGREPTSPLSVWEGTPELLAMEHA
YLAKQGDKRICAHLRRQALRAAYKARCQKRAFKVFQEECEFFRLPVHIVDKIQIPGQASP
VPESVSLGGGVKTATSKRQVKTRRSFSSFLPKEEFSFVLGPCPTSSPEVTPTSTPSTTPP
SSPRASSPRTPLPQVKEVTTQGITLCSHGPACQEHFCFGFLDLKDEFHASTYLKWMLGTQ
LPGSIFCFDLQVSSYLEHCTDTMEAIDLWWHVMDRYVRNYRATKYVTKDNYLTKASIAID
TAPKEFINKCKLLTKRAKHRNLSKKESYLLKRNERDSKYWDAFIALRTNTKEGQGPIDWV
KAGYRKCKEYYDNTFSKFVNQIMQSLNPLTMILGPFKSAFWECVSNLKDKCVGMINDHWL
AFAAGSTLVLTLIFLFAMICICKVFVYLLSTLGIVGCTVTFLVTSLIVIFFLFNGFLEQA
ADIQLCELVGADFLNFLNQNQNIAPIAATMADIKEEALRGQGLQWCFTALYKLISRLIPG
GAKEAAIMFNSVGNISRSASHAKDFFVNMKEMTTSWIDALSDALALLGDDSVTAMHTLKH
LCENDFLEWAKRVERYAGDTYDSMILNPADRLRIIRELVDQQVGFQKAFFNPRIASKAPR
LMLTEFQRLSTMLRDCHSALSRAALFDMQRVPPFWIHLYSENGGTGKSMAMMPLGNYLLD
SIEEPKTHRFVTRNVASRFLNGYLHQPCFLMDEFGAAPKTDYMDEVTMLDLVSPNPLTLN
MAALGDKNIMFTSKLIISTANRRLAHPDVKLGANLDGFLRRRHILAEVVLAQGKPYFHEF
ILLKARTEQKIYLDQALREVASPIHLSPAEFYAVCAEQFVNFLNQQGNALIEQQGVSYVR
SDDFSFLKDYLQYKMGLDFQQCEIERIVTDYSLSIKNQTIFPAEHEHIFSRWRAELEALS
LSELITMLDKHVTETFVYTLIKENHSNVVMSNLTPYECLIYSFCKDKYKKETDATFSSLP
EEEVKQPWLAEFLSFTARLCLNVPKWVTLVLALCAFCLVGYVLIKFAIGLFTGACTIFSV
LAFSSLSAQGPEDSPGFENARKTAGVKVHFVKTSFQPSDWKGINVKPSGFNWGDVADDDD
AIPLWGQGPDQNQNVLNLLKHQVVLIAEHSKVVYNAIALGNRNFLFTKHVWDLMPTCNYG
LFGYAIAKNKIYINPNVRPAIQLKNRDLVVVQLPDSVPPFSALPKDIFLSNLAEAPKVAN
AALVVSEPLYEKRSVAQLQQKIYPFENLPQIHSRDTYSCGSLGSKPMPACYSYTFDTFAG
LCTSPLISMDGGRCVLLGLHVAGDKSKMGYAQIVTLEDFSDINFSEKVGQGPEQMYIPTA
RSESFGSVCLLGKWTGPKPYFLENSSLTPSLIHDCIDIDMTTEPAILSKKDPRLQYTNNK
DFDPFLSGMGKYAVEAHSFDEDEELFEDALDRVFSEIPMFTCEDLSNDQVCNGIEDDDYA
EGLVMQTAEGYPFCTMRPPGVTGKTWLFAGSPGDWHIVPNSLLANELNVKELNLSKNIFE
PVIGIDFPKDEKVDSSKVYIKQKTRLFTILPVDYNILVRKYFLSFVSQLMALHNEVPTKV
GIDPISNEWSILCHSLHSKGTNWFNGDYSRFDGITPRNVLQGIVKRISRRYANKSSFAIT
DPTLSINGDLARSLLMDMCSTRYGLTNGDLWYVTSGIPSGFPLTVIVNSLVNSFFVHFAY
MKLHSSEVHKALYPLYSFRTLVSYAVYGDDNLISVHDTIKDTFNLVTISNLLLEHGVTLK
NGADKNEEILSPFYPIEKVDFLKRRFTTLQGHIVAPLNTVNITERLHWVRKGLGDADATL
ENCKSALFEALFHGELYYNDLRGKIEKACKVKGLPLIVPDYQDALSLFLTGGSYAKAIQA
IAMNLPDRISLYKSEFYSVQIYPQIFYVTNERNVTLQKLLETTTLRNICYVSRNYESRSS
SRGLFTLKGEGWTPAALKARLSVYKAMAKPVYFVDEANDGLAMFYCLDYAFRVCGLTRSQ
IAKILNAVFGGNPEVCQRIFQFFSQVEPTNKYIPPNQRR

Список литературы:

[1] Koganezawa, H.; Ito, T. Apple latent spherical virus. In Virus and Virus-Like Diseases of Pome and Stone Fruits; Hadidi, A., Barba, M., Candresse, T., Jalkmann, W., Eds.; APS Press: Minnesota, MN, USA, 2011; pp. 23–24.

[2] Li, C.; Yoshikawa, N.; Takahashi, T.; Ito, T.; Yoshida, K.; Koganezawa, H. Nucleotide sequence and genome organization of apple latent spherical virus: a new virus classified into the family Comoviridae. J. Gen. Virol. 2000, 81, 541–547.

[3] Igarashi, A.; Yamagata, K.; Sugai, T.; Takahashi, Y.; Sugawara, E.; Tamura, A.; Yaegashi, H.; Yamagishi, N.; Takahashi, T.; Isogai, M.; et al. Apple latent spherical virus vectors for reliable and effective virus-induced gene silencing among a broad range of plants including tobacco, tomato, Arabidopsis thaliana, cucurbits, and legumes. Virology 2009, 386, 407–416.