Внутренности белков и макромолекулярных комплексов
Во втором скрипте рассматривается крупный остаток (тирозин), боковая цепь которого входит в ядро, и окружающие его атомы. Начиная с 5 А атомы, окружающие тирозин, покрывают большую его часть. Однако даже при 7 А некая доля атомов тирозина все равно остается неприкрытой.
Среднее расстояние между соседними не связанными ковалентно атомами в белке составляет 2,975 А. Данные длин приведены на рисунке 1. Посчитаем, поместится ли между соседними атомами молекула воды. Длину молекулы можно считать равной диаметру кислорода, составляющего 2,8 А. В лучшем случае, если вода будет располагаться между молекулами кислорода ( они имеют меньший радиус, чем угдерод, азот или сера), расстояние составит 2,8 + 1,4 + 1,4 = 5,6. А это больше среднего расстояния между атомами. Значит, молекула не сможет там поместиться.
Рис.1 Характерное расстояние между соседними не связанными ковалентно атомами в белке
Третий скрипт показывает изображение белка в комплексе с ДНК. Основу взаимодействий ДНК и белка составляют гидрофобные и ионные связи. Ионные связи образуются между отрицательно заряженными атомами кислорода остатка фосфорной кислоты и положительно заряженными аминокислотными остатками (например, лизин, аргинин и т.д.) белка. Гидрофобные связи образуются между неполярными атомами сахаро-фосфосфатного остова ДНК и гидрофобными аминокислотынми остатками (глицин, лейцин и т.д). Водородных связей в моем примере найдено не было, но в других случаях они могут встречаться.Известны различные случаи взаимодействия белков с ДНК. Например, это белки, учавствующие в репликации ДНК - ДНК-полимеразы. Белки-гистоны связываются ДНК, образуя нуклеосомы (таким образом, способствуя более плотной упаковке ДНК).