Главная Обо мне Семестры Ссылки

Uniprot

Информация о белке Putative 3-oxoacyl-ACP synthase III, полученная с помощью базы данных Uniprot, представлена в табл.1.

табл.1 Информация о белке Putative 3-oxoacyl-ACP synthase III

Uniprot ID Q79ZF6_STRAW
Uniprot AC Q79ZF6
Refseq ID WP_010983812.1
PDB ID 4XS9
Длина 334 AA
Молекулярная масса 35495 MW
SubName Putative 3-oxoacyl-ACP synthase III {ECO:0000313|EMBL:BAC70085.1}

В записи PDB содерится две цепи белка, структура известна для всего белка.

Кластеры

табл. 2 Кластеры

Cluster Cluster ID Cluster name Количество белков
Uniref50 UniRef50_D9UBR6 Cluster: 3-oxoacyl-ACP synthase 19
Uniref90 UniRef90_G2NJE7 Cluster: 3-Oxoacyl-(Acyl-carrier-protein (ACP)) synthase III domain protein 8
Uniref100 UniRef100_Q93HA0 Cluster: 3-oxoacyl-(Acyl carrier protein) synthase III 1

Из таблицы 2 легко заметить, что с увеличением процента совпадения уменьшается количество белков в кластере, что вполне логично. И при 100% совпадение лишь одно - сам белок.

Поиск в Uniprot:

1. По полному SubName (запрос: name:"Putative 3-oxoacyl-ACP synthase III {ECO:0000313|EMBL:BAC70085.1}") ничего не нашлось. По запросу name:"putative 3 oxoacyl acp synthase 3" найдено 57 записей, и ни одна из них не пренадлежит разделу reviewed (запрос name:"putative 3 oxoacyl acp synthase 3" AND reviewed:yes не дал результатов).
2. Поиск по тому же названию среди белков своего организма (запрос: name:"putative 3 oxoacyl acp synthase 3" organism:"streptomyces avermitilis strain atcc 31267 dsm 46492 jcm 5070 nbrc 14893 ncimb 12804 nrrl 8165 ma 4680") выдал 5 результатов, из раздела reviewed 0.
3. Поиск по тому же названию среди белков из организмов семейства Streptomycetaceae (запрос: name:"putative 3 oxoacyl acp synthase 3" taxonomy:streptomycetaceae) дал 19 записей, из раздела reviewed снова ни одной.
4. Количество записей при поиске по тому же названию среди белков из организмов отдела Actinobacteria (запрос: name:"putative 3 oxoacyl acp synthase 3" taxonomy:actinobacteria) составило 56, среди которых нет рецензированных.
5. По запросу "альбумин" (name:albumin) количество записей составило 680, среди животных (запрос: name:albumin taxonomy:metazoa) их оказалось 278, а среди позвоночных (запрос: name:albumin taxonomy:vertebrata) - 272.
6. По запросу трипсин (name:trypsin) получено 14 034 записей, среди них 2 984 ингибиторов трипсина (запрос: name:trypsin name:inhibitor)

©Никишова Анастасия, 2016