Комплекс ДНК-белок

Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Вторичная структура тРНК называется клеверным листом и состоит из акцепторного стебля, D-стебля, D-петли, антикодонового стебля и петли, Т-стебля, Т-петли и дополнительной петли. В табл. 1 можно увидеть результату предсказания вторичной структуры различными программами.

табл. 1. Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла XXXX.pdb

А-форма	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5'-901-907-3' 5'-966-972-3' всего 7 пар	предсказано 0 пар из 7 реальных	левая
D-стебель	5'-910-913-3' 5'-922-925-3'всего 4 пары	предсказано 0 пар из 7 реальных	43,5 A
T-стебель	5'-949-953-3' 5'-961-965-3'всего 5 пар	предсказано 3 пары из 5 реальных	43,5 A
Антикодоновый стебель	5'-939-944-3' 5'-926-931-3'всего 6 пар	предсказано 5 пар из 6 реальных	12
Общее число канонических пар нуклеотидов	22	8	7,2 ( от гуанина)

С помощью команды einverted из пакета EMBOSS я получила предсказание комплементарных участков в исследуемой тРНК (1f7u). С параметрами по умолчанию программа ничего не находила, поэтому пришлось уменьшить значение параметра "Minimum score threshold" с 50 до 15. Програма смогла практически предсказать антикодоновый стебель и наполовину T-стебель.

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Текст скрипта 1

Текст скрипта 2

Теперь рассмотрим полярные и неполярные контакты между ДНК и белком. Будем считать полярными атомы кислорода и азота, а неполярными атомы углерода, фосфора и серы.

табл. 2. Контакты разного типа в комплексе 1TRO_old.pdb

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	5'-901-907-3' 5'-966-972-3' всего 7 пар	предсказано 0 пар из 7 реальных	левая
остатками фосфорной кислоты	5'-910-913-3' 5'-922-925-3'всего 4 пары	предсказано 0 пар из 7 реальных	43,5 A
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	5'-949-953-3' 5'-961-965-3'всего 5 пар	предсказано 3 пары из 5 реальных	43,5 A
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	5'-939-944-3' 5'-926-931-3'всего 6 пар	предсказано 5 пар из 6 реальных	12