Для поиска белков для бактерии Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough использовался расширенный поиск в базе данных UniProtKB. В поле "Таксономия" было введено название организма. В разделе перекрестных ссылок был выбран источник PDB, чтобы отобрать белки с известной трехмерной структурой. По данному запросу было найдено 42 записи белков, из которых выбран белок P45574 - сульфитредуктаза, субъединица диссимиляторного типа альфа, так как он имеет максимальную аннотацию (5 из 5) и выполняет ключевую функцию в метаболизме организма (катализирует восстановление сульфита до сульфида, обеспечивая бактерию энергией).
Данный белок является диссимиляторной сульфитредуктазой, основная функция которой — катализ восстановления сульфита до сульфида. Благодаря наличию в активном центре сирогема и железо-серного кластера, фермент связывает сульфит и восстанавливает его до сероводорода, используя перенос электронов. Таким образом, бактерия запасается энергию, необходимую для жизнедеятельности в анаэробных условиях.
1) С целью определения таксономического распространения сульфитредуктаз был выполнен поиск по названию белка (Protein Name) c использованием фразы "sulfite reductase". Общее количество найденных записей составило 50994 белка. Из них 267 находятся в Swiss-Prot, остальные 50677 - в TrEMBL. Полученные данные свидетельствуют о чрезвычайно широком распространении сульфитредуктаз в природе: они обнаружены у бактерий, архей, растений и грибов.
2) Для бактерии Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough был выполнен поиск по ключевому слову (Keyword) "Iron-sulfur" для выявления всех железо-серных белков бактерии. Общее количество найденных записей составило 148 белков, из них 27 находятся в Swiss-Prot, остальные 121 - в TrEMBL. На основании этого можно сделать вывод, что железо-серные кластеры широко представлены в протеоме данной бактерии, при этом большинство записей (~82%) не имеют детальной функциональной аннотации.
3) Для бактерии Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough был выполнен поиск по ключевому слову (Keyword) "Oxidoreductase" для выявления всех оксидоредуктаз бактерии. Общее количество найденных записей составило 268 белков, из них 33 находятся в Swiss-Prot, остальные 134 - в TrEMBL. Поскольку сульфитредуктаза P45574 относится к классу оксидоредуктаз, полученные данные свидетельствуют о том, что данный класс ферментов (первый класс ферментов) широко представлен в протеоме бактерии, что связано с ее активным энергетическим метаболизмом и восстановлением сульфата, в ходе которого сульфитредуктаза восстанавливает сульфит до сероводорода, обеспечивая синтез АТФ.