P45574 – сульфитредуктаза, субъединица диссимиляторного типа альфа
| Параметр | Значение |
|---|---|
| Database | swissprot |
| Program | blastp |
| Max target sequences | 100 |
| Short queries | автоматическая настройка |
| Expect threshold | 0.05 |
| Word size | 3 |
| Max matches in a query range | 0 |
| Matrix | BLOSUM62 |
| Gap Costs | Existence: 11, Extension: 1 |
| Compositional adjustments | Conditional compositional score matrix adjustment |
Программа выдала 10 последовательностей, из которых были выбраны пять для дальнейшего множественного выравнивания: P45574.3, Q59109.2, P94693.1, O33998.1, Q59110.1.
Множественное выравнивание выполнялось в программе Jalview с использованием встроенного алгоритма Muscle with Defaults.
Белок Q59110.1 был исключён из финального выравнивания, поскольку при выравнивании выяснилось, что он имеет низкий процент идентичности (19,76%) и не содержит консервативных участков, характерных для остальных белков (изначально отбирался по E-value и покрытию).
Текстовая выдача программы тут
Проект Jalview с итоговым выравниванием тут.
Полипротеин (ID: POLG_DEN2U, AC: P18356) — Геномный полипротеин
OS: Dengue virus type 2 (strain Thailand/PUO-218/1980)(DENV-2)
В записи Swiss-Prot в поле FT по ключам CHAIN было найдено 6 зрелых белков, на которые разрезается полипротеин. Из них был выбран белок — Envelope protein E с координатами 181..675.
Средствами EMBOSS была вырезана последовательность данного зрелого белка, которая сохранена в файле: P18356_Envelope_E.fasta
При запуске BLAST программа выдала 79 последовательностей, из которых были выбраны пять для дальнейшего множественного выравнивания: P14337.2, P29991.1, P29990.1, P07564.2, P27914.1. Все белки — гомологи исходного (высокая идентичность).
Текстовая выдача программы: blast_P18356.txt
Проект Jalview с итоговым выравниванием: blast2.jvp
При фильтрации по вирусам список находок не изменился, E-value улучшилось (например, у Q9IJX4.1: было - 1e-110, стало - 5e-112). Доля вирусных белков в Swiss-Prot для данного запроса — 5%.