P45574 – сульфитредуктаза, субъединица диссимиляторного типа альфа
| Параметр | Значение |
|---|---|
| Database | swissprot |
| Program | blastp |
| Max target sequences | 100 |
| Short queries | автоматическая настройка |
| Expect threshold | 0.05 |
| Word size | 3 |
| Max matches in a query range | 0 |
| Matrix | BLOSUM62 |
| Gap Costs | Existence: 11, Extension: 1 |
| Compositional adjustments | Conditional compositional score matrix adjustment |
Программа выдала 10 последовательностей, из которых были выбраны пять для дальнейшего множественного выравнивания: P45574.3, Q59109.2, P94693.1, O33998.1, Q59110.1.
Множественное выравнивание выполнялось в программе Jalview с использованием встроенного алгоритма Muscle with Defaults.
Белок Q59110.1 был исключён из финального выравнивания, поскольку при выравнивании выяснилось, что он имеет низкий процент идентичности (19,76%) и не содержит консервативных участков, характерных для остальных белков (изначально отбирался по E-value и покрытию).
Текстовая выдача программы тут
Проект Jalview с итоговым выравниванием тут.
Полипротеин (ID: POLN_ABPVR, AC: Q9DSN9) — Replicase polyprotein
OS: Acute bee paralysis virus (strain Rothamsted) (ABPV)
В записи Swiss-Prot в поле FT по ключам CHAIN был найден 1 зрелый белок, на который разрезается полипротеин — Replicase polyprotein с координатами 1...1906.
Средствами EMBOSS была вырезана последовательность данного зрелого белка, которая сохранена в файле: Q9DSN9_polyprotein_renamed.fasta
При запуске BLAST программа выдала 100 последовательностей, из которых были выбраны пять для дальнейшего множественного выравнивания: Q9DSN9.1, Q9IJX4.1, O36966.1, Q91PP5.1, Q83034.1. Все белки — гомологи исходного (высокая идентичность).
Текстовая выдача программы: blast_Q9DSN9.txt
Проект Jalview с итоговым выравниванием: blast2.jvp
При фильтрации по вирусам список находок не изменился, E-value улучшилось (например, у Q9IJX4.1: было - 1e-110, стало - 5e-112). Доля вирусных белков в Swiss-Prot для данного запроса — 5%.