1. Выбор семейства белковых доменов из базы Pfam

Домен: MazG (PF03819)

Данный домен удовлетворяет всем критериям выбора:

  1. Более 20 последовательностей в выравнивании seed - 42
  2. Более 3 структур - 11 (согласно данным Pfam)

2. Краткое описание семейства MazG (PF03819)

AC Pfam PF03819
ID Pfam MazG
#SEED 42
#All 15 464
#SW 31 285
#architectures 84
#3D 11
#eukaryota 668
#archaea 460
#bacteria 28 920

MazG представляет собой нуклеотидную пирофосфогидролазу, участвующую в поддержании баланса нуклеотидов в клетке путём гидролиза нуклеозидтрифосфатов до нуклеозидмонофосфатов. Каталитическая активность обеспечивается четырьмя консервативными отрицательно заряженными аминокислотными остатками, которые формируют активный центр и связывают субстрат. Данный домен представлен у бактерий в большей степени, чем у архей и эукариот.

3. Описание выравнивания белковых доменов (seed) с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества

Выравнивание seed 42 последовательности, 98 колонок
Максимальный достоверный блок, включающий ВСЕ последовательности (МДБ-all) 13-21, 51-59
100% консервативные колонки в МДБ-all 13:E, 16:E, 54:E, 57:D
Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности (МДБ-notAll) Последовательности: 1-19. Колонки: 77-98
100% консервативные колонки в МДБ-notAll 13:K, 17:R, 19:P
Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и поэтому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции 22-49
Скачать проект JalView (.jvp)

4. Карта локального сходства (dotplot) двух последовательностей с одним и тем же доменом, но с разной доменной архитектурой

Доменная архитектура 1 PF03819 – PF04447 Белок состоит из двух гидролазных доменов: MazG и NUDIX.
Белок с архитектурой 1 A0A916YIZ0 (из Croceicoccus pelagius) Нуклеозидтрифосфат пирофосфогидролаза (263 а.о.).
Доменная архитектура 2 PF00590 – PF00590 – PF03819 – PF03819 Белок состоит из двух метилазных доменов и двух MazG-доменов.
Белок с архитектурой 2 A0A1A5YAJ5 (из Paenibacillus oryzae) Нуклеозидтрифосфат пирофосфогидролаза (507 а.о.).
Dotplot белков A0A916YIZ0 и A0A1A5YAJ5
Рис. 1. Карта локального сходства

Анализ карты локального сходства показал, что сравниваемые белки имеют значительное количество гомологичных участков, о чем свидетельствует диагональная линия на dotplot.