Для поиска комплементарных участков в последовательности тРНК 1GTS применялась программа einverted из пакета EMBOSS. Запуск выполнялся командой:
einverted -sequence rna.seq -gap 12 -threshold 10 -match 3 -mismatch -3 -outfile outfile -outseq seqout
Параметры подбирались таким образом, чтобы предсказание оказалось как можно ближе к реальной структуре.
Дополнительно вторичная структура той же тРНК была предсказана программой ViennaRNA, которая реализует алгоритм Зукера. Полученные результаты затем сопоставлялись друг с другом и с реальной структурой, найденной ранее программой find_pair.
Таблица 1. Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1GTS.pdb
| Участок структуры | Позиции в структуре (find_pair) |
Результаты предсказания с помощью einverted |
Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 2–7, 66–71 | 1–6, 61–66 | 1–6, 61–66 |
| D-стебель | 10–12, 23–25 | — | 9–11, 20–22 |
| T-стебель | 49–53, 61–65 | — | 46–50, 56–60 |
| Антикодоновый стебель | 39–43, 27–31 | — | 24–28, 36–40 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 22 | 6 | 19 |