Практикум 7

1. Выбор белка

ATP-dependent 6-phosphofructokinase, этот белок был выбран, т.к. имеет достаточно высокую аннотированность (4/5), важную для бактерии функцию и красивое название.

Запрос: (taxonomy_id:187137)

Количество находок: 5723

2. Информация о белке

Асимметрическая единица состоит из цепей А и В, биологическая единица представлена гексамером,

Database: TrEMBL
ID: A0A7C5SRE9_9DEIN
AC: A0A7C5SRE9
Version:20
Name: ATP-dependent 6-phosphofructokinase
TaxID: 187137
INSDC: DRNZ01000106
Length: 322
MW: 33832

3. Кластеры похожих белков

ID: UniRef100_A0A7C5SRE9
Size:1
Length:322
Name: ATP-dependent 6-phosphofructokinase

ID: UniRef90_E4U4T1
Size:8
Length:322
Name: ATP-dependent 6-phosphofructokinase

ID: UniRef50_P21777
Size:291
Length:322
Name: ATP-dependent 6-phosphofructokinase

Можно предположить, что белок довольно распространенный, и его последовательность не слишком консервативна, т.к. на 90 процентов совпадает с последовательностями белков 7 других видов.

4. Поисковые запросы

1. Поиск 3D-структур

Было проверено, известны ли для каких-либо белков исследуемого организма 3D-структуры с помощью запроса (taxonomy_id:187137) AND (structure_3d:true). По данном запросу не было найдено ни одного белка, что вполне ожидаемо из-за слабой аннотированности последовательности.

2. Поиск количества последовательностей шаперонов

Т.к. Oceanithermus profundus – термофильная бактерия, стало интересно узнать количество доступных последовательностей шаперонов. По запросу (taxonomy_id:208447) AND (keyword:KW-0143) было найдено 87 результатов, из них 13 с аннотацией > 3.

3. Поиск белков с существенной доказательной базой

Существование исследуемого белка доказано на основе гомологии. Т.к. Oceanithermus profundus не является модельным организмом, стало интересно, сколько белков имеют более существенную доказательную базу. С помощью запроса (taxonomy_id:187137) AND (existence:2) было выяснено, что существует 4 последовательности со значением «Experimental evidence at transcript level», аналогично было выяснено, что последовательностей со значением «Experimental evidence at protein level» не найдено.

4. Поиск вариантов белка в других организмах

Также стало интересно, сколько существует вариантов исследуемого белка в других организмах. С помощью запроса ec:"2.7.1.11" AND reviewed:true мы выяснили, что существует 336 вариантов последовательности.