Практикум 11

Гомология и выравнивание. Домены. JalView

Описание семейства белковых доменов

Таблица 1. Описание семейства белковых доменов

AC pfam

ID pfam

#SEED

#All

#SW

#architectures

#3D

Taxonomy

#eukaryota

#archaea

#bacteria

#viruses

PF00280

Potato inhibitor I family

99

5k

27

86

63

5140

0

28

2

Семейство Potato inhibitor I (PI-I) — это группа небольших — от 60 до 90 аминокислотных остатков — сериновых протеазных ингибиторов. В отличие от многих других семейств протеазных ингибиторов, они не содержат дисульфидных связей. Один из ингибиторов этого семейства найден в пиявке. Это единственное семейство ингибиторов протеаз, которое присутствует как в растительном, так и в животном царстве. Ингибиторы подавляют активность протеаз патогенных микроорганизмов, насекомых, нематод и травоядных животных. Индукция экспрессии генов ингибиторов наблюдается при ранении и обработке фитогормонами.

В подавляющем большинстве встречается в эукариотах, в нескольких видах бактерий и двух вирусах.

Описание выравнивания белковых доменов

Таблица 2. Описание выравнивания белковых доменов
Информация

Выравнивание seed

Число колонок: 104

Число последовательностей: 99

Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all)

Номера колонок: 20-25

100% консервативные колонки в МДБ-all

20:[WP], 25:[GA], 31:[AKV]

Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll)

Номера колонок: 68-73

Номера последовательностей блока: 1-46

100% консервативные колонки в МДБ-notAll

68:[R], 69:[V], 70:[R]

Участок выравнивания, в котором нет достоверных подблоков

27-30
Ссылка на выравнивание.

Карта локального сходства

Таблица 3. Карта локального сходства

доменная архитектура 1

PF00280

Белок с архитектурой 1

P01051

доменная архитектура 2

PF09619 - PF00280

Белок с архитектурой 2

A0A813NC71

Карта локального сходства
Рис.1. Карта локального сходства.

Исходя из представленной карты локального сходства, в белках присутствует консервативный участок всего с одним небольшим разрывом, соответствующим инсерции или делеции.