Описание 4-гидроксипролин-2-эпимеразы 1 из генома Bacteria Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 .
Главная цель практикума №6 - структурирование информации о "своем" белке, улучшение навыков работы с CSS и базой данных NCBI, а именно - построение таблиц и получение изображения генмного окружения белка .
Изучение белка бактерии по данному индентификатору.
По предложенному идентификатору я нашли свой белок в базе данных NCBI. Полученная из NCBI и Uniprot информации о белке представлена в Таблице 1.
| Идентификатор белка | ABS13170.1 |
|---|---|
| Идентификатор генома | CP000758 |
| Название белка | proline racemase |
| Координаты гена в геноме | 467499..468530 |
| Длина гена (п.н.) | 1032 |
| Цепь | обратная |
| Длина белка (а.о.) | 343 |
По идентификатору я нашла свой белок в базе данных NCBI. Затем необходимо было перейти на страницу нуклеотидной записи, из которой получен белок, для этого в записи о белке я нашла квалификатор DBSOURCE и перешла по ссылке. После - нажатие на Customize view и выбор Show sequence. Далее - сохранила файл с нуклеотидной записью в формате GenBank. Та самая последовательность
В таблице 1 можно найти краткую информацию о белке 4-гидроксипролин-2-эпимеразы 1. Этот фермент участвует в метаболизме аргинина и пролина.
Получение изображения геномного окружения белка
На сайте NCBI в разделе Nucleotide я нашла геном бактерии, белок которой я изучаю. По координатам гена белка нетрудно было обнаружить область геномного окружения. Далее я сохранила файл в формате pdf, а затем с помощью Adobe Acrobat и графического редактора мне удалось перевести файл в jpg формат. Полученное геномное окружение представлено на Рисунке 1. (см. ниже)
По выполнении этого задания я узнала, что такое геномное окружение и даже получила его изображение!!