Гидрофобные взаимодействия в белке β-лактамазы

Использя этот скрипт можно посмотреть, как распределены гидрофобные атомы в белке. Как видно из рисунка 3 гидрофобные атомы расположены рядом друг с другом и образуют большой единый гидрофобный кластер в белке.

Рис.1.Распределение гидрофильных и гидрофобных аминокислот по поверхности белка. Жёлтый цвет - гидрофмльные атомы. Зелёный - гидрофобные атомы. Вода имеет прозрачно-красный цвет.

Я решил проверить наблюдения с помощью сервиса CluD. Используя стандартные настройки я получил следующее изображение. Из рисунка 2 видно, что в белке есть один большой гидрофобный кластер (зелёный цвет) и 5 небольших, состоящих из очень небольшого числа атомов.

Рис.2.Гидрофобные кластеры в белке β-лактамаза. Желтым цветом в проволочной модели показана гидрофильная часть белка. Зелёным, оранжевым, красным, индиго, сиреневым и белым показаны гидрофобные кластеры.

Если в шариковой можели показать также и гидрофильные атомы, то, как видно из рисунка 3, на поверхности белка находятся, в основном, гидрофильные атомы, следовательно, этот белок будет достаточно хорошо растворим в воде и не является мембранным белком.

Рис.3.Распределение гидрофильных (жёлтые) и гидрофобных (зелёные) атомов в белке β-лактамаза.