База данных KEGG

Для выполенния задания данного практикума был выбран метаболический путь синтеза пиримидинов (рисунок 1). Для дальнейшей работы была выбрана реакция фосфорилирования дезоксицитидина (выделена зелёным на . Её катализируют два ортологических ряда белков: K00893 (54 белковых последовательности) и K15519 (111 белковых последовательнсотей). Схема катализируемой реакции представлена на рисунке 2.

Рис. 1. Метаболическая карта синтеза пиримидинов Рис. 2. Схема реации фосфорилирования дезоксицитидина

Для белков из данных ортологических рядов было построено выравнивание методом Muscle with defaults. (проект JalView с выравниванием можно скачать по следующей ссылке). Затем, с помощью программы MEGA по данному выравниванию было построено филогенетическое древо методом Neighbor-Joining со значением бустстреп-реплик 100. Полученное дерево показано на рисунке 3.

Рис. 3. Филогенетическое дерево для белков из ортологических рядов K00893 и K15519

Как видно из полученного дерева, белки довольно хорошо разделились на группы согласно их принадлежности тому или иному ортологическому ряду, исключение составляет белок с идентификатором Q662C5 из ортологического ряда K00893. Если посмотреть на белки, соответствующие длинным тривиальным ветвям, например G2KSN3 и L0Gv45 то можно увидеть, что их они выравнены хуже остальных белков.