Oceanobacillus iheyensis
Описание генома бактерии Oceanobacillus iheyensis штамм HTE831
Рис.1. Микрофотография Oceanobacillus iheyensis, микрофотография взята с сайта bacmap.wishartlab.com
|
Oceanobacillus iheyensis – экстремальная галотолерантная алкалофильная бактерия. Выделена из осадка на морском дне на глубине 1050 метров в Iheya Ridge (Хребет Ихея (?), Ихея – село в Японии). Это аэробная палочковидная грамположительная бактерия. Формирует споры. Подвижная за счёт наличия жгутика. Рост возможен при pH от 6,5 до 9,5 и концентрации NaCl от 0 до 21% (причём при pH=6,5 концентрация NaCl может быть от 0 до 21%, а при pH=9,5 – от 0 до 18%). Оптимальная для роста концентрация NaCl = 3%, при pH равном как 7,5, так и 9,5 [1][2]. |
Геном бактерии Oceanobacillus iheyensis, штамм HTE831 состоит из одной кольцевой двуцепочечной молекулы ДНК. Он записан в записи NC_004193 базы данных RefSeq. Длина генома 3 630 528 пар нуклеотидов. Всего в нём закодировано 3 593 гена, из них кодируют белки 3 500 генов. Остальные 92 кодируют РНК (их число подсчитано из записи NC_004193 базы данных RefSeq). А оcтавшийся 1 ген в записи не имеет квалификатора CDS и каких-либо обозначений, указывающих на то, что это псевдоген, ген, кодирующий РНК или белок (локус этого гена: OB3567).
Описание оперона АТФ-синтазы Oceanobacillus iheyensis штамм HTE831
АТФ-синтаза (в митохондриях у эукариот) – это фермент, состоящий из нескольких субъединиц, который катализирует реакцию
ADP + Phosphate ⇔ ATP. Энергия для этого процесса берётся из градиента протонов на мембране митохондрий, который создаётся в результате работы дыхательной цепи. α-субъединица АТФ-синтазы закодирована на комплементарной цепи (см. рисунок 2), её ген обозначен как atpA. Весь предполагаемый оперон АТФ-синтазы, как видно из рисунка 2, закодирован на комплементарной цепи.
Рис.2. Окрестность гена atpA в геноме Oceanobacillus iheyensis, штамм HTE831. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI
| № | Начало | Конец | Идентификатор белка | Продукт гена по данным NCBI | Перевод названия продукта |
| 1 | 3 084 884 | 3 085 279 | NP_693896.1 | H+-transporting ATP synthase epsilon chain | ε-цепь АТФ-синтазы, переносящей протоны |
| 2 | 3 085 376 | 3 086 770 | NP_693897.1 | F1/FO ATP synthase subunit beta | β-субъединица F1/FO АТФ-синтазы |
| 3 | 3 086 810 | 3 087 670 | NP_693898.1 | F1/FO ATP synthase subunit gamma | γ-субъединица F1/FO АТФ-синтазы |
| 4 | 3 087 762 | 3 089 273 | NP_693899.1 | F1/FO ATP synthase subunit alpha | α-субъединица F1/FO АТФ-синтазы |
| 5 | 3 089 292 | 3 089 837 | NP_693900.1 | F1/FO ATP synthase subunit delta | δ-субединица F1/FO АТФ-синтазы |
| 6 | 3 089 834 | 3 090 361 | NP_693901.1 | H+-transporting ATP synthase B chain | B-цепь АТФ-синтазы, переносящей протоны |
| 7 | 3 090 499 | 3 090 705 | NP_693902.1 | F1/FO ATP synthase subunit C | Субъединица C F1/FO АТФ-синтазы |
| 8 | 3 090 751 | 3 091 473 | NP_693903.1 | F1/FO ATP synthase subunit A | Субъединица A F1/FO АТФ-синтазы |
| 9 | 3 091 530 | 3 091 919 | NP_693904.1 | H+-transporting ATP synthase i chain | i-цепь АТФ-синтазы, переносящей протоны |
Использованные источники:
[1] bacmap.wishartlab.com
[2] microbewiki.kenyon.edu