Поиск сигналов

Для выполнения первого задания использовался файл с последовательностями и файл с эксперементально полученными сайтами. они были поданы на вход MEME сос ледующими параметром длины последовательности 16. было сделано два запуска с параметром "One per sequence" (в отчёте буквы покрашены красным цветом) и "Zero or one per sequence"(в отчёты буквы покрашены тёмно-щелёным). В 9 последовательностях сигналы были найдены обоими методами и отличия в них былди не сильные (1 нуклеотид). Отчёт можно скачтаь по ссылке.

Для выполнения задания данного практикума была скачана последовательность полного генома бектерии Oceanobacillus iheyensis штамм HTE831. Затем из него, с помощью команды seqret были выбраны промотерные участки ([-25:-1] от начала гена) 150 генов и поданы на вход программе ememe. Полученный выходной файл в виде html странице можно посмотреть по следующей ссылке. Также было LOGO для данный последовательностей, представленное на рисунке 1. Из него видно, что в данных последовательностях наблюдается довольно консервативный участок, содержащий аденины и гуанины с 8 по 15 позиции, что, возможно, соответствует последовательности Шайна—Дальгарно. затем полученные данные были обработаны программой emast, выходной файл в виде html-страницы можно посмотреть по этой ссылке.

Рис. 1. LOGO для полученный промотерных последовательностей

Также мы, совмество с Просвировым Кириллом и Погорельской Александрой провели анализ базы данных EcoCyc, отчёт по этой базе находистя по данной ссылке.