Описание генома Whitewater Arroyo virus

По типу носителя генома вирус Whitewater Arroyo относится к ssRNA negative-strand virus, то есть носитель информации – одноцепочечная РНК негативной полярности, следовательно, информация считывается не с «родной» цепи РНК вируса, а с комплементарной ей. Этот вирус поражает Neotoma albigula (white-throated woodrat) – древесную крысу. Обнаружен в Мексике [1] [2].

Геном вируса состоит из двух цепей. Первая цепь (сегмент L) содержится в записи NC_010703.1 RefSeq, вторая (сегмент S) в записи NC_010700.1. Сегмент L состоит из 7132 нуклеотидов, Сегмент S из 3316 нуклеотидов. Всего 10448 нуклеотидов. В каждом сегменте закодировано по 4 гена. Информация о них приведена в таблице 1.

Таблица 1. Гены из генома вируса Whitewater Arroyo virus (идентификаторы из базы Genbank: AY924395 для L-сегмента и AF228063 для S-сегмента)

№	Сегмент	Начало	Конец	Направление	Длина (в нуклеотидах)	Продукт	Перевод
1	L	78	365	прямое	288	Z-protein	Z-белок
2	L	443	7102	обратное	6660	RNA-dependent RNA polymerase	РНК-зависимая РНК - полимераза
3	S	63	1505	прямое	1443	glycoprotein G1+G2 precursor	предшественник гликопротеина G1+G2
4	S	1577	3265	обратное	1689	nucleocapsid protein	белок капсида вируса

Гены не пересекаются. Длины всех генов делятся на 3. Изображение всего L-сегмента представлено на рисунке 1. На рисунке 2 показан 5’-фрагмент гена, кодирующего Z - белок. Из таблицы 1 и рисунка 1 видно, что гены кодируются как на прямой, так и на обратной цепи.

Хотя в записи указано, что Whitewater Arroyo virus принадлежит к ssRNA negative-strand virus, из таблицы 1 и рисунка 1 видно, что его гены кодируются как на прямой, так и на обратной цепи. Возможно, что (так как среди белков, кодируемых генами вируса есть РНК-зависимая РНК-полимераза) цепи РНК реплицируются и получаются цепи как комплементарные исходной цепи (для которых возможно считывание генов обратного направленности), так и идентичные исходной.

Рис.1. Сегмент L Whitewater Arroyo virus (идентификатор записи RefSeq NC_010703.1). Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI

Рис.2. 5’-конец гена, кодирующего Z-белок, первый кодон – ATG, что соответствует аминокислотному остатку метионина. Также гену предшествует некодирующая область длиной 77 нуклеотидов. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI

Использованные источники:
[1] www.ajtmh.org
[2] www.cdc.gov