Комплексы ДНК-белок
С помощью программы einvrted пакета EMBOSS для поиска инвертированных последовательностей, был найден один инвертированный участок. Программа запускалась с параметрами: gap penalty 10, threshold 15, match 3, mismatch -4. Затем с помощью веб-сервиса Mfold, который использует алгоритм Зукера, была предсказана вторичная структура данно РНК. Эту структуру можно увидеть на рисунке 1. Используя данные полученные в прошлом практикуме с помощью find_pair analyze была построена таблица 1.
Рис. 1. Вторичная структура данной тРНК
Таблица 1. Информация о вторичной структре, полученной с помощтю трёх различных алгоритмов: find_pair, einverted и mfold.
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | C:.501 - C:.507 572_:C - 566_:C 7 позиций |
0 | 7/7 |
| D-стебель | C:.549 - C:.553 565_:C - 561_:C 5 позиций |
0/5 | 5/5 |
| T-стебель | C:.538 - C:.543 532_:C - 527_:C 6 позиций |
5/6 | 5/6 |
| Антикодоновый стебель | C:.510 - C:.513 525_:C - 522_:C 4 позиции |
0/4 | 5/4 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 21 | 5 | 19 |
Затем был написан скрипт, который позволяет пошагово показать атомы кислорода 2'-дезоксирибозы, атомы кислорода в остатке фосфорной кислоты и атомы азота в азотистых основаниях.
Затем, используя тот же принцип, были посчитаны полярные и неполярные взаимодействия ДНК с белком, полученные данные приведены в таблице 2
Таблица 2. Полярные и неполярные взаимодействия ДНК-белок| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 12 | 31 | 43 |
| остатками фосфорной кислоты | 21 | 7 | 28 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 0 | 7 | 7 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 9 | 9 | 18 |
Затем, с помощью программы nucplot была построена популярная схема ДНК-белковых контактов, предстьавленная на рисунке 2.
Рис. 2. Популярная схема ДНК-белковых контактов
На этйо схеме можно увидеть, что больше всего контактов у аргинина с номером 168, это взаиможействие изображено на рисунке 3.
Рис. 3. Взаимодействие 168 остатка аргинина с ДНК
Но мне кажется, что для распознования ДНК наиболее важен 176 серин - он может связываться с двумя соседними азотистыми основаниями, сто показано на рисунке 4. На этом рисунке показано ждва состояния 176 серина - когда он связан с 48 и когда он связан с 48 азотистым основанием.
Рис. 4. Взаимодествие 176 остатка серина с ДНК