Однонуклеотидные полиморфизмы, индели и сборка

В этом практикуме анализировались результаты картирования из прошлого практикума. С помощью следующих команд был получен файл в формате *.vcf

samtools mpileup -u -g -f organels_genome.fasta sort.bam.bam > organels_genomes.bcf
bcftools view -v -c -g organels_genomes.bcf > organels_genomes.vcf

Для подсчёта количества инделейи полиморфизмов использвались следующие команды:

grep 'INDEL;' organels_genomes.vcf | wc -l
grep 'DP=' organels_genomes.vcf | wc -l

По результатам работы этой команды было установлено, что инделей 288, а полиморфизмов 672.

Для сборки контигов использовалась программа velvet. Для начала сборки нужно ввести представленные ниже команды. Для работы программы была выбрана длина k-мера 23, так как её соответствет максимальное значение N50 - 241.

velveth velveth_dir_23 23 -fastq Ath_tae_CTTGTA_L003_R2_005.cleaned.fastq
velvetg velveth_dir_23 -cov_cutoff auto

В таблице 1 приведены данные о десяти самых длинных контигах. Их принадлежность определялась локальных бластом с помощзью команд, приведённых ниже.

 makeblastdb -in organels_genome.fasta -dbtype nucl
 blastn -task megablast -query max_contigs.fasta -db organels_genome.fasta -out organels_megablast.out -outfmt 7 -num_alignments 1

Таблица 1. Информация о десяти самых длинных контигах

Номер контига	Длина	Органелла
11595	7146	митохондрия
4025	5022	митохондрия
47215	4200	митохондрия
4171	4174	митохондрия
13882	3372	митохондрия
27455	3352	митохондрия
55690	3182	митохондрия
50427	3137	митохондрия
48277	2732	митохондрия
15066	2653	митохондрия