С помощью поисковой ситемы SRS были найдены записи, соответствующие хромосомам дрожжей Saccharomyces cerevisiae. Список хромосом показан в таблице 1.
Таблица 1. Список хромосом дрожжей Saccharomyces cerevisiae
| REFSEQ_DNA:NC_001133 |
NC_001133 |
Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. |
230218 |
| REFSEQ_DNA:NC_001134 |
NC_001134 |
Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. |
813184 |
| REFSEQ_DNA:NC_001135 |
NC_001135 |
Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. |
316620 |
| REFSEQ_DNA:NC_001136 |
NC_001136 |
Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. |
1531933 |
| REFSEQ_DNA:NC_001137 |
NC_001137 |
Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. |
576874 |
| REFSEQ_DNA:NC_001138 |
NC_001138 |
Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. |
270161 |
| REFSEQ_DNA:NC_001139 |
NC_001139 |
Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. |
1090940 |
| REFSEQ_DNA:NC_001140 |
NC_001140 |
Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. |
562643 |
| REFSEQ_DNA:NC_001141 |
NC_001141 |
Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. |
439888 |
| REFSEQ_DNA:NC_001142 |
NC_001142 |
Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. |
745751 |
| REFSEQ_DNA:NC_001143 |
NC_001143 |
Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. |
666816 |
| REFSEQ_DNA:NC_001144 |
NC_001144 |
Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. |
1078177 |
| REFSEQ_DNA:NC_001145 |
NC_001145 |
Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. |
924431 |
| REFSEQ_DNA:NC_001146 |
NC_001146 |
Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. |
784333 |
| REFSEQ_DNA:NC_001147 |
NC_001147 |
Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. |
1091291 |
| REFSEQ_DNA:NC_001148 |
NC_001148 |
Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. |
948066 |
Для дальнейшей работы была быврана шестая хромосома. её длина составляет 270161 пар нуклеотидов, кодирует 127 белков и 10 тРНК.
Далее приведены несколько генов, расположенные на этой хромосоме с различными характеристиками.
Ген без интронов, закодированный на прямой цепи:
CDS 6426..7565
/gene="COS4"
Ген без интронов, закодированный на обратной цепи:
CDS complement(10301..10969)
/gene="SNO3"
Ген с интронами, закодированный на прямой цепи:
CDS join(75179..75839,76092..76147)
/gene="HAC1"
Ген с интронами, закодированный на обратной цепи:
CDS complement(join(53260..54377,54687..54696))
/gene="ACT1"
Для белка с идентификатором в базе данных RefSeq NP_693715.1 была найдена его запись в Uniprot: Q8EMP8_OCEIH. В файле, найденному по этому идентификатору был найден AC для этого белка в базе данных EMBL: BA000028. В файле, соотвествующим этой записи были найдены границы нужного белка: 2871462-2872376 (он закодирован на обратной цепи). С помощью коаманды seqret пакета EMBOSS, был вырезан участок генома, кодирующий данный белок, его можно увитеть в этом файле.