Парные выравнивания
Для выполнения заданий этого практикума я использвал слдущий файл, взятый по этой ссылке.
В начале нам дано множественное выравнивание, из которого, путём удаления гэпов в одинаковых позициях было получено парное выравнивание, представленное на рисунке 1. Дальше ипользовались программы для построение глобальных и локальных парных выравниваний - "needle" и "water". Аналогичные дествия были произведены для получения парых глобального и локального выравниваний заведомо негомологичных последовательностей (мною был выбран мой белок β-лактамаза и белок α-субъединицы АТФ-синтазы)Дальше, используя команду "infoalign" была получена информация о выравниваниях, представленная в таблице 1.
| Name | SeqLen | AlignLen | Gaps | GapLen | Gaps % | Ident | Ident % | Similar | Similar % |
| Данное выравнивание | |||||||||
| 1IXX_A_1-129 | 129 | 137 | 4 | 8 | 5,8 | 129 | 94,2 | 0 | 0 |
| 2ZIB_A_1-133 | 133 | 148 | 6 | 15 | 10,1 | 46 | 31,1 | 18 | 12,2 |
| needle | |||||||||
| 1IXX_A_1-129 | 129 | 150 | 6 | 21 | 14 | 129 | 86 | 0 | 0 |
| 2ZIB_A_1-133 | 133 | 160 | 7 | 27 | 16,875 | 73 | 45,625 | 16 | 10 |
| water | |||||||||
| 1IXX_A_1-129 | 126 | 146 | 5 | 20 | 13,7 | 126 | 86,3 | 0 | 0 |
| 2ZIB_A_1-133 | 119 | 146 | 7 | 27 | 18,5 | 61 | 41,8 | 15 | 10,3 |
| Выравнивание негомологичных белков, needle | |||||||||
| 3LEZ | 260 | 380 | 31 | 120 | 31,6 | 260 | 68,4 | 0 | 0 |
| ATPA2 | 519 | 557 | 15 | 38 | 6,8 | 387 | 69,5 | 50 | 8,98 |
| Выравнивание негомологичных белков, water | |||||||||
| 3LEZ | 257 | 414 | 36 | 157 | 37,9 | 257 | 62,1 | 0 | 0 |
| ATPA2 | 393 | 414 | 10 | 21 | 5,1 | 246 | 59,4 | 61 | 14,7 |
Дальше было предложено совместить два выравнивания. Я взял исходное выравнивание и выравнивание, полученное с помощью "needle". Результат показан на рисунке 2. Как видно из этого рисунка, основной участок различия находится с 61 по 105 позицию. А по обе стороны от этого учасктка различия находятся гомологичные блоки.
С помощью программы "sup_cheak" можно проверить то, как выравнивания совпадают с совмещением структуры белков. Таким образом можно получить либо совпадение выравнивания и совмещения структуры, либо расхождения в них. Если по выравниванию эта часть последовательности гомологична, но по совмещению структур нет, то это ошибка первого рода, в обратном случае - это ошибка второго рода. Для исходного выравнивания было найдено 8 ошибок первого рода и 22 ошибки второго рода. Для выравнивания, полученного с помощью программы needle - 38 ошибок первого рода и4 ошибки второго. Для выравнивания, полученного с помощью программы water - 28 и2 соответственно.
Проект, содержащий все полученные выравнивания можно скачать по этой сслыке. Все файлы, использовавшиеся в этом практикуме или полученные в ходе его выполнения можно скачать по этой ссылке.