Построение множественного выравнивания. Pfam
Для выполнения этого практикума были использованы последовательности, полученные из практикума, связанного с работой в BLAST. Файл, содержащий эти последовательности можно скачать по следующей ссылке.
С помощью команды "muscle -in{input_file} -out{output_file}" было получено следущее выравнивание. Само выравнивание предствалено на рисунке 1.
Так же было построеновыравнивание этих же последовательностей, с использованием программы "mafft" (команда "mafft infile.fasta > outfile.fasta>"). ПОлученное выравнивание можно скачать по этой ссылке. Также это выравнивание представлено на рисунке 2.
Дальше было произведено сравнение двух выравниваний. Вручную и с помощью программы muscle (команда: "muscle -profile -in1 one.fasta -in2 two.fasta -out both.fasta"). Выравнивание, сделанное вручную, находится в файле проекта, вместе с другими выравниваниями. Выравнивание, произведённое с помощью программы также показано на рисунке 3.
Как видно из рисунка 3, оба выравнивания имеют очень много совпадающих колонок, хотя они и были получены с помощью разных программ. Серьёзное различие есть только в начале выравнивания до 71 позици.
Для дальнейшей работы была взята последовательность β-лактамазы из первого семестра. Работа велась в базе данных Pfamи была посвящена поиску доменов белка (seed можно скачать по этой ссылке). Было найдено 5244 последовательности, имеющие такие же домены, как в моём белке. При это домен β-лактамазы встречается с другими доменами и это представлено 27 различными типами архитектуры. Диаграмма, показывающая распределение блков, содержащих домен β-лактамазы показана на рисунке 4. И неё видно, что почти все такие белки находятся в прокариотических организмах, а в эукариотических их практически нет, что не удивительно, учитывая функцию белка, который, фактически, отвечает за устойчивость к антибиотикам, проде пенициллина (которые имеют в своей структуре β-лактам).
Рисунок 4. Диграмма, отображающая огранизмы, имеющие белки, содержащие домен β-лактамазы