Предсказание генов у эукариот
Для работы мне была выдана следующая последовательность гена человека.
Для начала с помощью GENSCAN был получен вероятный набор экзонов. Результаты работы этой программы можно увидеть в таблице 1
Таблица 1. Предсказанные с помощью GENSCAN экзоны в выданном мне гене.| № | Тип | Цепь | Начало | Конец |
| 1 | Конечный | - | 841 | 720 |
| 2 | Внутренний | - | 1844 | 1675 |
| 3 | Внутренний | - | 3324 | 2840 |
| 4 | Начальный | - | 4738 | 3671 |
на сатте Genome Browser с помощью инструмента BLAT было получено выравнивание данной последовательности на геном человека, результат можно увиджеть на рисунке 1.
Рисунок 1. Результат работы сервиса BLAT
Нужно было найти различные виды альтеорнативного сплайсинга, так как эих сложно увидеть на таком масштабе, то на рисунке 2, при приближении, показаны следующие типы альтернативного сплайсинга: кассетные экзоны (синяя рамка), альтернативные донорные сайты (красная рамка), альтернативные акцепторные сайты (жёлтая рамка) и удержанный интрон (зелёная рамка).
Рисунок 2. различные виды альтернативного спласинга. Рамками различного цвета помечены следающие типа: кассетный экзон - синий, альтернативный донорный сайт - красный, альтернативный акцепторный сайт - жёлтый, удержанный интрон - зелёный.
Для следующего задания использовалась последовательность части генома Actinidia chinensis. С помощью blastx был проведён бласт по банку swissprot (рисунок 3), соответсвенно составленные на основе этих выравниваний предсказанные гены представлены в таблице 2
Рисунок 3. Результаты Blast-X
Таблица 2. Предсказанные гены и их экзонная структура
| номер экзона | Начало экзона | Конец Экзона |
| Убиквитин карбоксил-гидролаза (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase) | ||
| 1 | 728 | 937 |
| 2 | 4170 | 4229 |
| 3 | 5658 | 5738 |
| 4 | 6531 | 6623 |
| 5 | 6734 | 7117 |
| 6 | 7234 | 7404 |
| 7 | 9560 | 9655 |
| 8 | 9737 | 9959 |
| Предполагаемый ДНК-связывающий белок(Putative DNA-binding protein ESCAROLA) | ||
| 1 | 19759 | 19427 |
| Адаптерный белок комплекса AP-4, субъединица μ (Adaptor protein complex AP-4 subunit μ, закодирован на обратной цепи) | ||
| 1 | 29327 | 29229 |
| 2 | 29777 | 29697 |
| 3 | 29940 | 29871 |
| 4 | 30145 | 30050 |
| 5 | 31245 | 30895 |
| 6 | 31454 | 31343 |
| 7 | 31965 | 31870 |
| 8 | 33229 | 33088 |
| 9 | 33430 | 33317 |
| 10 | 34151 | 33927 |
| 11 | 34653 | 34546 |
| 12 | 36442 | 36410 |
| Шаперон dnaj 49 (Chaperone protein dnaJ 49, закодирован на обратной цепи) | ||
| 1 | 41810 | 41544 |
| Механочувствительный илонный канал (Mechanosensitive ion channel protein 2, закодирован на обратной цепи) | ||
| 1 | 46389 | 46237 |
| 2 | 47697 | 47635 |
| 3 | 48435 | 48296 |
| 4 | 48716 | 48504 |
| 5 | 49025 | 48861 |
| 6 | 49220 | 49382 |
| 7 | 50590 | 50477 |
| 8 | 50880 | 50674 |
| Предполагаемя, сходная с убиквитином, с пецефичная протеаза 2B (Probable ubiquitin-like-specific protease 2B, закодирован на обратной цепи) | ||
| 1 | 61806 | 61340 |
| 2 | 65272 | 65144 |
| 3 | 67467 | 67373 |
| 4 | 73820 | 73731 |
| 5 | 73974 | 73924 |
| 6 | 74267 | 74067 |
| 7 | 74759 | 74622 |
| 8 | 77663 | 77547 |
| 9 | 78434 | 78213 |
| 10 | 82228 | 82139 |