Предсказание генов у прокариот
Для работы с этим практикумом был взят контиг микробиома кардиального отдела желудка валлаби. С помощью ORF Finder Был произвед н поиск открытых рамок считывания. Результат работы программы показан на рисунке 1.
Рисунок 1. Результат работы ORF Finder
Было найдено 15 открытых рамок считывания, но кодирующими белок, по-моему, являются только две - достаочно большие и не перекрывающиеся друг с другом рамки - перая и вторая в списке на рисунке 1 (с 1 по 1017 нуклеотиды и с 1139 по 2701). Для них был проведён бласт по базе данных swissprot. И для обоих были найдены выравнивания с e_value < 0.001 и Query cover >80%. Гомологами первого белка (1-1017) являются гликозилтрансферазы и неизвестные гипотетические белки, а для второго (1139-2701) - это гидролазы, а точнее чаще всего это были "haloacid dehalogenase". Полученные результаты о лучших находках представлена в таблице 1. А для следующей по длине находки не было найдено гомологов с достаточно достоверным e-value и Query cover.
Таблица 1. Лучшие находки в ORF Finder| Начало | Конец | Длина (в аминокислотных остатках) | Цепь | Описание |
| 1 | 1017 | 520 | + | гликозилтрансфераза |
| 1139 | 2701 | 338 | - | haloacid dehalogenase |
Затем поиск возможных генов был осуществлён с помощью программы GeneMark. Результаты её работы представлены в отчёте и в таблице 2
Таблица 2. Найденные возмодные гены по GeneMark| № | Цепь | Начало | Конец | Длина гена (в нуклеотидах) |
| 1 | - | <1 | 1017 | 1017 |
| 2 | + | 1139 | 2701 | 1563 |
| 3 | - | 2698 | 2898 | 201 |
Сравнивая результаты работы двух программ можно убедиться, что гены 1 и 2 из таблицы 2 совпадают с генами из таблицы 1. Однако третий ген расходится с результатами в ORF Finder. Причём по ORF Finder имеется рамка считывания, которая начинается с этого же нуклеотида, но заканчивается она раньше. Было решено проверить её и был проведён blast по базе данных swissprot и обнаружено, что для этого участка найдены гомологи с e-value < 0.001 и Query cover >80% (dв том числе и 100%) и гомологи этого белка являются sugar transferase
При изменении эвристических параметров в GeneMark были получены несколько другие результаты, представленные в отчёте и таблице 3.
Таблица 3. Найденные возмодные гены по GeneMark с другими эвристическими параметрами| № | Цепь | Начало | Конец | Длина гена (в нуклеотидах) |
| 1 | - | <1 | 999 | 999 |
| 2 | + | 1139 | 2701 | 1563 |
| 3 | - | 2698 | 2898 | 201 |
При изменении эврестических параметров на самом деле изменилось ненмогое, только конец первого гена уменьшился на 18 нуклеотидов.